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如何選擇最佳的 qPCR 探針化學(xué)試劑

來源:上海牧榮生物科技有限公司   2025年03月28日 15:12  

讓應(yīng)用程序成為您在 LNA、MGB 和 BHQplus 之間做出決定的指南 

qPCR 探針的多種不同填料為科學(xué)家在檢測(cè)開發(fā)過程中提供了豐富的選擇。鎖定核酸 (LNA)、小溝結(jié)合物 (MGB) 和 BHQplus™ 探針均可增強(qiáng)雙鏈體穩(wěn)定性,這有助于您的檢測(cè)獲得高信噪比,同時(shí)保持寡核苷酸長度相當(dāng)緊湊。它們還能夠更好地適應(yīng)具有挑戰(zhàn)性的靶標(biāo),如富含 A-T 的序列。但每種探針類型的化學(xué)性質(zhì)意味著您將獲得最佳的檢測(cè)性能 – 信噪比、檢測(cè)限 (LOD) 。– 當(dāng)您將探頭類型與應(yīng)用程序匹配時(shí)。

 

MGB 探針適用于檢測(cè) SNP 和困難的基因表達(dá)靶標(biāo)

 

什么是 MGB 探頭?

MGB 探針的長度通常為 8-30 個(gè)堿基,5' 端有一個(gè)熒光團(tuán),3' 端有一個(gè)淬滅基團(tuán)。3' 末端也連接到一個(gè)化學(xué)部分 - MGB - 該化學(xué)部分與雙鏈 DNA 的小溝非共價(jià)結(jié)合。

MGB 探針如何工作?

使用 MGB 探針時(shí),MGB 與探針-靶結(jié)構(gòu)的小溝的結(jié)合增強(qiáng)了雙鏈體的穩(wěn)定性。

 

MGB_probe_with_EDQ_illustration

 

 

 

 

圖 1.MGB 探針是雙標(biāo)記的 5′ 水解探針,由 5′ 熒光報(bào)告染料和 3′ Eclipse 暗淬滅基團(tuán) (EDQ) 組成,與 MGB 部分偶聯(lián)。

 

MGB 探針適合哪些應(yīng)用?什么時(shí)候應(yīng)該使用 MGB 探頭?

由于 MGB 附著在寡核苷酸的末端,因此易于設(shè)計(jì) - 只需使用與目標(biāo)區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸序列即可。這使得 MGB 探針成為檢測(cè) SNP 和困難的基因表達(dá)靶標(biāo)(例如富含 A-T 含量的序列)的理想選擇。

然而,雖然設(shè)計(jì)可能很簡(jiǎn)單,但熔融溫度 (Tm) 無法進(jìn)行微調(diào)。

LNA 探針是需要高特異性和靈敏度的應(yīng)用的理想選擇

 

什么是 LNA?

LNA,也稱為橋式核酸,是經(jīng)過修飾的堿基,其中糖的 2' 氧和 4' 碳與亞甲基橋共價(jià)連接。

一個(gè)

Unmodified DNA

B

Locked nucleid acid - LNA

 

圖 2.A) 未修飾的核苷酸和 B) 鎖定的核酸修飾的示意圖。

 

含有 LNA 的探針如何工作?

當(dāng)使用一個(gè)或多個(gè) LNA 代替未修飾的單體時(shí),探針-靶標(biāo)雙鏈體的穩(wěn)定性得到增強(qiáng)。

雙工穩(wěn)定化的量取決于許多因素,包括使用的 LNA 數(shù)量以及 LNA 在探針中的位置。因此,您可以微調(diào) LNA 探針的設(shè)計(jì),以達(dá)到所需的特異性和穩(wěn)定性水平。

 

LNA 探針適合哪些應(yīng)用?什么時(shí)候應(yīng)該使用 LNA 探頭?

雖然設(shè)計(jì)比 MGB 探頭稍微復(fù)雜一些,并且需要迭代測(cè)試以微調(diào)性能和 Tm,LNA 探針可以提供更好的特異性和對(duì)非靶序列的區(qū)分度。

它們非常適合需要高特異性的應(yīng)用。

 

 

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BHQplus 探針是需要高特異性和靈敏度的應(yīng)用的替代選擇

 

什么是 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針利用化學(xué)修飾的單體來增強(qiáng)探針-靶標(biāo)雙鏈體的穩(wěn)定性和特異性。

然而,BHQplus 探針中使用的專有化學(xué)成分與 LNA 不同,這為科學(xué)家提供了另一種探針化學(xué)選擇。

 

BHQplus 探頭的工作原理是什么?

單個(gè) BHQplus 單體的化學(xué)修飾可穩(wěn)定探針-靶標(biāo)雙鏈體。這使您可以設(shè)計(jì)更短的探針,與用未修飾的單體制成的探針相比,具有更高的靈敏度和特異性。


BHQplus_probe

圖 3.BHQplus 探針使用修飾的核苷酸來增強(qiáng)穩(wěn)定性。它們被設(shè)計(jì)得更短(15-25 個(gè)堿基),以增強(qiáng)特異性并改善錯(cuò)配鑒別。

 

BHQplus 探頭適合哪些應(yīng)用?什么時(shí)候應(yīng)該使用 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針非常適合需要高靈敏度和特異性的應(yīng)用。它們?yōu)?LNA 探頭技術(shù)提供了一種更易于設(shè)計(jì)且價(jià)格更具競(jìng)爭(zhēng)力的替代方案,當(dāng)您不需要微調(diào)探頭性能時(shí),它是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。

在探針化學(xué)的選擇中進(jìn)行選擇

雖然我們已經(jīng)強(qiáng)調(diào)了使每種探針化學(xué)成分大放異彩的具體優(yōu)勢(shì),但其中有很多重疊,您可能希望在檢測(cè)開發(fā)過程中試用每種類型的探針。



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