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高關聯掃描電子顯微鏡(SEM)和光學顯微鏡是兩種截然不同的顯微鏡技術，它們在多個方面存在顯著差異。
一、照明源與成像原理
高關聯掃描電子顯微鏡：
照明源：使用電子槍發射的電子束作為照明源。
成像原理：電子束聚焦后照射在樣品表面，樣品對電子的散射程度不同，在熒光屏或探測器上形成圖像。電子束的波長極短，因此能夠呈現極其細微的結構。
光學顯微鏡：
照明源：使用可見光(日光或燈光)作為照明源。
成像原理：光線透過標本，經過物鏡和目鏡的折射，將標本放大成像。不同結構對光的吸收、折射和反射不同，形成圖像的明暗對比。
二、分辨率與放大倍數
高關聯掃描電子顯微鏡：
分辨率：高，可達納米級，甚至能夠觀察到原子、分子水平的微觀細節。
放大倍數：范圍廣泛，從幾倍到數十萬倍不等，可根據需要進行調整。
光學顯微鏡：
分辨率：受可見光波長限制，一般在微米級，難以分辨距離小于光波長一半的物體。
放大倍數：通常較低，有效放大倍數一般在1000倍左右。
三、景深與視野
高關聯掃描電子顯微鏡：
景深：較長，能夠在不同深度進行掃描和分析，觀察到樣品內部結構。
視野：相對較小，但可通過調整掃描范圍來改變。
光學顯微鏡：
景深：較短，對樣品表面的光滑程度有較高要求。
視野：較大，適用于觀察較大范圍的樣品。
四、標本制備要求
高關聯掃描電子顯微鏡：
標本制備復雜，需要將標本切成極薄的薄片(一般幾十納米厚)，并經過固定、脫水、包埋、染色等一系列精細處理。
光學顯微鏡：
標本制備相對簡便，生物標本可通過涂片、切片或裝片的方式固定在載玻片上。
五、應用領域
高關聯掃描電子顯微鏡：
在前沿科學研究中發揮關鍵作用，如生物領域研究蛋白質結構、病毒形態；材料科學研究材料微觀組織和晶體結構；納米技術研究納米材料等。
光學顯微鏡：
廣泛應用于學校教學、醫學診斷等領域，如觀察血液涂片、病理切片、微生物學基礎研究等。
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