1、根據各種細胞比重的差異
（1）自然沉降法
（2）密度梯度離心法
①Ficoll-Hypaque密度梯度離心法：人外周血單個核細胞（peripheral blood mononuclear cell,PBMC）包括淋巴細胞和單核細胞，其體積、形狀和比重與其他細胞不同，紅細胞和多核白細胞比重較大，為1.092左右，而淋巴細胞和單個核細胞比重為1.075左右。利用密度在1.077±0.001g/L之間近于等滲的Ficoll-Hypaque混合溶液（稱為淋巴細胞分層液）作密度梯度離心時,各種血液成分將按密度梯度重新分布聚集。血漿和血小板由于密度較低,故懸浮于分層液的上部；紅細胞與粒細胞由于密度較大,故沉于分層液的底部；PBMC密度稍低于分層液,故位于分層液界面上,這樣就可獲得PBMC。
②Percoll密度梯度離心法：Percoll是Pharmacia公司的商品名，成分為硅化聚乙烯吡咯烷酮（PVP），為無毒，無刺激的新型密度梯度離心分離劑。聚乙烯吡咯酮包被的硅膠混懸液，它具有易成等滲、粘度低、無毒性、不引起細胞聚集等優點，已得到廣泛引用。由于Percoll在培養基中顆粒大小不等，其在離心過程中自然形成密度梯度，從而將不同密度的細胞分離出來。將1份10×PBS與9份percoll儲存液混合，制成等滲Percoll懸液，此懸液被認為是100 % Percoll懸液，其密度為1.1294g/ml,可通過用PBS（1x）或組織培養液稀釋此100%Percoll而獲得適宜密度進行細胞分離，因為稀釋度與密度線性相關，常用的密度如下：
70% Percoll 1.090g/ml
60% Percoll 1.077g/ml
50% Percoll 1.067g/ml
40% Percoll 1.056g/ml
30% Percoll 1.043g/ml
20% Percoll 1.031g/ml
（3）改變細胞密度法
巨噬細胞能夠吞噬鐵粉，增加其比重，通過密度梯度離心或磁場將其分離；T細胞能夠與綿羊紅細胞形成花環，形成的花環復合物比重大，借助密度梯度離心將T細胞分離。

2、根據細胞粘附特性
巨噬細胞能夠非特異性粘附于玻璃或塑料表面，根據這種特性可以將巨噬細胞從混合細胞群體中分離；B細胞能夠粘附于尼龍棉上，通過尼龍棉柱時被阻滯，從而將其與其他細胞分開。

3、根據細胞對滲透壓變化的敏感度
例如紅細胞對低滲敏感，通過低滲處理能夠裂解紅細胞。