基質(zhì)構(gòu)成固定相的骨架，親和層析的基質(zhì)應(yīng)該具有以下一些性質(zhì)：

　　一、.具有較好的物理化學(xué)穩(wěn)定性。在與配體偶聯(lián)、層析過程中配體與待分離物結(jié)合、以及洗脫時的pH、離子強(qiáng)度等條件下，基質(zhì)的性質(zhì)都沒有明顯的改變。

　　二、.能夠和配體穩(wěn)定的結(jié)合。親和層析的基質(zhì)應(yīng)具有較多的化學(xué)活性基團(tuán)，通過一定的化學(xué)處理能夠與配體穩(wěn)定的共價結(jié)合，并且結(jié)合后不改變基質(zhì)和配體的基本性質(zhì)。

　　三、.基質(zhì)的結(jié)構(gòu)應(yīng)是均勻的多孔網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。以使被分離的生物分子能夠均勻、穩(wěn)定的通透，并充分與配體結(jié)合。基質(zhì)的孔徑過小會增加基質(zhì)的排阻效應(yīng)，使被分離物與配體結(jié)合的機(jī)率下降，降低親和層析的吸附容量。所以一般來說，多選擇較大孔徑的基質(zhì)，以使待分離物有充分的空間與配體結(jié)合。

　　四、.基質(zhì)本身與樣品中的各個組分均沒有明顯的非特異性吸附，不影響配體與待分離物的結(jié)合。基質(zhì)應(yīng)具有較好的親水性，以使生物分子易于靠近并與配體作用。

　　一般纖維素以及交聯(lián)葡聚糖、瓊脂糖、聚丙烯酰胺、多孔玻璃珠等用于凝膠排阻層析的凝膠都可以作為親和層析的基質(zhì)，其中以瓊脂糖凝膠應(yīng)用廣泛。纖維素價格低，可利用的活性基團(tuán)較多，但它對蛋白質(zhì)等生物分子可能有明顯的非特異性吸附作用，另外它的穩(wěn)定性和均一性也較差。交聯(lián)葡聚糖和聚丙烯酰胺的物理化學(xué)穩(wěn)定性較好，但它們的孔徑相對比較小，而且孔徑的穩(wěn)定性不好，可能會在與配體偶聯(lián)時有較大的降低，不利待分離物與配體充分結(jié)合，只有大孔徑型號凝膠可以用于親和層析。多孔玻璃珠的特點(diǎn)是機(jī)械強(qiáng)度好，化學(xué)穩(wěn)定性好。但它可利用的活性基團(tuán)較少，對蛋白質(zhì)等生物分子也有較強(qiáng)的吸附作用。瓊脂糖凝膠則基本可以較好的滿足上述四個條件，它具有非特異性吸附低、穩(wěn)定性好、孔徑均勻適當(dāng)、宜于活化等優(yōu)點(diǎn)，因此得到了廣泛的應(yīng)用。瓊脂糖凝膠微球的商品名為Sepharose，含糖濃度為二、%、四、%、6%時分別稱為二、B、四、B、6B。因為Sepharose 四、B的結(jié)構(gòu)比6B疏松，而吸附容量比二、B大，所以四、B應(yīng)用