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上海索寶梯度PCR儀的原理基于PCR反應的溫度敏感性。 PCR反應是一種體外擴增DNA的技術，通過不斷重復三個步驟(變性、退火和延伸)，可以在短時間內擴增目標DNA序列。 而PCR反應的成功與否，很大程度上取決于反應體系中的溫度。 梯度PCR儀通過在反應管中創建溫度梯度，使得不同溫度下的反應條件同時存在。
一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(通常12種溫度梯度)的稱之為梯度PCR儀。 因為被擴增的不同的DNA片段其適合的退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的適合退火溫度進行有效的擴增。
由于傳統的普通PCR儀一次只能運行一個特定的退火溫度，因此如果要設置不同的退火溫度，那么就需要多次運行才能夠實現，這一過程需要花費大量的時間。 而梯度PCR儀以此就可以實現多個不同的退火溫度，這樣可以節約時間，在效率的提升方面就非常明顯了，這樣既節約時間，也節約成本。 因此從功能和特性上來說，梯度PCR儀的性能是要優于普通PCR儀，而且在不設置梯度的情況下梯度PCR儀也可當做普通的PCR用，非常方便。
可以把一次PCR擴增實驗設置成一系列不同的退火溫度條件(溫度梯度)的實驗，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。 設置梯度的主要原因是因為被擴增的不同DNA片段，其最適退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR反應就可以篩選出表達量最高的最適退火溫度，優化實驗，進行有效的擴增。 梯度PCR儀主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，在節約成本的同時也節約了時間。
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