藍細菌水華所產生的毒素主要有三種：環肽、生物堿和脂多糖。微囊藍細菌毒素、節球藍細菌毒素為環肽，魚腥藍細菌毒素、石房蛤毒素為生物堿，脂多糖為內毒素成分，它們可導致肝臟損害、神經損害、胃腸功能紊亂和一系列免疫反應。

　　其中微囊藻毒素(rulerocystins)是研究較為深入的一類藍細菌毒素，由微囊藍細菌屬、魚腥藍細菌屬、束絲藍細菌屬和念珠藍細菌屬中的某些種所產生。微囊藍細菌毒素主要存在于活細胞內，當藍細菌在水華過后大量死亡時，其所含毒素釋放出來。魚類、水鳥等水生動物因飲用含此毒素的水而中毒死亡。對人類，飲用含此等毒素水體的水后，可引起皮炎、腸胃炎、肝臟損傷、呼吸失調等癥狀。

　　藍細菌的毒素（Cyanobacteria toxicant）給世界各國造成的經濟損失是巨大的.這種毒素在藍細菌內逐漸積累,以藍細菌水花（Water bloom） 的形式出現,當干渴牛羊或馬群飲用了這種含有毒素的水.在短時間內便要病倒或成群的死亡.經半個多世紀的研究表明造成這種生物性災害（Biological disaster）的原因是藍細菌產生的肽類所致,這種肽是由幾種氨基酸組成,稱為神經毒肽或快速致死素（FDF） 或極快致死毒（VFDF）.也有另一類為生物鹼.總之對水環境的生物特別是魚類和哺乳類有很大的潛在危害.現在的環境微生物工作者應及時作出判斷及時預報以免造成損失.