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離子色譜儀的高壓分析泵是離子色譜儀最重要的部件之一。分析泵的作用主要是通過等濃度或梯度濃度的方式在高壓下將淋洗液經由進樣閥輸送到色譜柱內并對待測物進行洗脫。產生故障的原因有一般來說以下幾種：
1、離子色譜儀的淋洗液的脫氣與泵內氣泡的排除
離子色譜儀初次使用或更換淋洗液時，管路中的氣泡容易進入泵內，造成系統壓力和流量的不穩定，對于一些容易產生氣體的溶液如加入甲醇淋洗液，可先用真空脫氣的辦法除去溶液中大部分氣體，再于系統中用惰性氣體(氦氣或高純氮氣)在線脫氣的方法處理。已進入離子色譜儀的泵內的氣泡可以通過啟動閥排除。具體方法是：先停泵，用一個10ml注射器在啟動閥處向泵內注射去離子水或淋洗液，可反復幾次直到氣泡排除為止，然后再將泵啟動。
2、離子色譜儀系統壓力波動大，流量不穩定
系統中進入了空氣，或者單向閥的寶石球與閥座之間有固體異物，使得兩者不能閉合密封，需卸下單向閥浸入盛有乙醇的燒杯用超聲波清洗。分析泵上的壓力傳感器有故障時也會造成壓力波動，應檢查傳感器旋鈕上的O型密封圈是否有磨損。
3、漏液
離子色譜儀的泵密封圈變形后，在高壓下會產生泄漏。泵漏液時，系統壓力不穩定，儀器無法工作，為延長密封圈的使用壽命，在使用了濃度較高的堿以后，要用去離子水清洗泵頭部分，以防產生沉淀物。
4、系統壓力升高
在離子色譜儀系統的壓力超過正常壓力的30%以上時，可以認為該系統壓力不正常。壓力升高與以下幾種情況有關：
(1)離子色譜儀保護柱的濾片因有物質沉積而使壓力逐漸升高。更換濾片。
(2)離子色譜儀的某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換。
(3)室溫較低時如低于10℃時，系統壓力會升高。設法使室溫保持在15℃以上。
(4)當有機溶劑與水混合時，由于溶液的粘度，密度變化壓力亦會升高。
(5)流速設定過高使壓力升高，應按照色譜柱的要求設定分析泵的流速。
5、系統壓力降低或無壓力
離子色譜儀系統有泄漏時，壓力會降低。仔細檢查各種接頭是否擰緊。此外，當系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統無壓力顯示，亦無溶液流出，為避免上述問題，流動相的容器要加壓(≤0.03MPa);在儀器初次使用或更換淋洗液時要注意排除輸液管路內的空氣。
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