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一、按照不同用途，DNA合成儀可分為實驗室型，工業型和大規模合成三種主要類型。
1，實驗室型：主要指合成通量較小，且單柱合成產物為10-1000nmol的DNA合成儀，一般為合成柱數低于48柱（含）的DNA合成儀，主要適用于化學生物學實驗室，或某些剛起步的商業機構。
2，工業型
工業型合成儀,主要指合成通量大，且單柱合成產物為10-1000nmol的DNA合成儀。工業型合成儀常見的合成柱數為96柱、192柱，384柱或更多合成柱數的合成儀較為鮮見。主要適用于大型實驗室，公用實驗平臺及商業合成機構。
該類型DNA合成儀較實驗室型品牌相對較少。在歐洲，polygen96柱合成工作站及384柱合成塔也是較常見的工業型合成儀之一。
3，大規模合成型
大規模合成型主要指單柱合成產物量可達數克，甚至數公斤的合成儀，主要用于原料藥制備等科研或商業用途。
二、按試劑堿基添加方式分類，DNA合成儀可分為電磁閥氣動驅動，蠕動泵驅動兩種類型。
1，電磁閥氣動驅動型：采用高于大氣壓的惰性氣體（氬氣，氮氣或氦氣）為堿基試劑溶液的驅動方式，通過微量電磁閥的開合添加試劑或堿基溶液。
2，采用蠕動泵驅動型：采用精密蠕動泵為堿基試劑溶液的驅動方式，通過蠕動泵驅動，滑塊的相互滑動選擇添加不同堿基試劑溶液。
三、按產物承載容器分，可分為需要一次性合成柱，無需一次性合成儀兩類。
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