高效液相色譜儀操作流程為開機、超聲、排氣、走基線。

1、開機前先將流動相過濾和超聲：水流動相用混合濾膜（0.2μm）過濾，有機流動相用有機濾膜過濾，之后超聲脫氣15-20分鐘。（過濾的目的是除去流動相里的雜質，以免雜質進入色譜柱堵塞色譜柱；超聲的目的是排除流動相里面的氣體，以防氣體進入色譜柱損害色譜柱，影響柱效能）

注意：試驗過程中由于只有0.45μm的混合濾膜，第一次使用時感覺效果不好，于是過濾水時同時使用兩張混合濾膜過濾水流動相。

2、超聲結束后，將流動相放置到規定位置（1號泵接水流動相，2號泵接有機流動相），開機逐個排氣（先啟動泵，排氣結束后再打開檢測器）。

3、排氣結束后，關閉所有排氣閥。先用純有機流動相沖洗色譜柱20-30分鐘，基線走穩之后，再打開水流動相（注意：水流動相和有機流動相流速之和為1ml/min），繼續走基線，直到基線平穩。

注意：實驗結束后，再用純有機流動相沖洗色譜柱20-30分鐘，沖出色譜柱內殘留的樣品物質，預防長時間不使用儀器樣品的殘留物質沉積在色譜柱內，導致下次使用難以沖出，色譜柱柱壓偏高，基線不穩，出現大量鬼峰。

4、走基線時，應將進樣閥處于Load狀態，用注射器進樣時應快速進樣，進樣后將進樣閥立即扳回到Inject狀態，此時液相系統開始進入采樣狀態。采樣結束后，可在數據分析里面查看分析結果并可進行編輯，也可以在脫機狀態下查看樣品的分析結果并編輯。

數據分析：

色譜得到的原始數據為色譜圖，我們需要對途中的色譜峰進行積分，獲得峰面積，并根據實驗需要，使用不同的方法進行定量計算，比如外標法，內標法，面積百分比法等。

儀器還可以得到光譜或者質譜信息，我們可以通過色譜柱數據軟件的對應功能得到光譜圖及質譜圖，獲得定性信息。

獲得所需信息后，可以利用色譜軟件將結果輸出成不同格式的報告，或將處理好的結果導入其他軟件（如統計分析）進行二次處理。