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HPLC系統一般由輸液泵、進樣器、色譜柱、檢測器、數據記錄及處理裝置等組成。其中輸液泵、色譜柱、檢測器是關鍵部件。此外，還可根據需要配置梯度洗脫裝置、在線脫氣機、自動進樣器、預柱或保護柱、柱溫控制器等，現代HPLC儀還有微機控制系統，進行自動化儀器控制和數據處理。制備型HPLC儀還備有自動餾分收集裝置。
HPLC的工作過程：輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分因在固定相中的分配系數或吸附力大小的不同而被分離，并依次隨流動相流至檢測器，檢測到的信號送至數據系統記錄、處理以及保存。
液相色譜流動相脫氣使用較多的是離線超聲波振蕩脫氣、在線惰性氣體鼓泡吹掃脫氣和在線真空脫氣。
超聲波振蕩脫氣：將配制好的流動相連容器放入超聲水槽中脫氣10-20min。這種方法比較簡便，又基本上能滿足日常分析操作的要求，所以，目前仍廣泛采用。
惰性氣體鼓泡吹掃脫氣：將氣源（鋼瓶）中的氣體（氦氣）緩慢而均勻地通入儲液罐中的流動相中，氦氣分子將其它氣體分子置換和頂替出去，而它本身在溶劑中的溶解度又很小，微量氦氣所形成的小氣泡對檢測無影響。
真空脫氣裝置：將流動相通過一段由多孔性合成樹脂膜制造的輸液管，該輸液管外有真空容器，真空泵工作時，膜外側被減壓，分子量小的氧氣、氮氣、二氧化碳就會從膜內進入膜外而被脫除。
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