生物發酵罐使用前后都應認真清洗，特別是前后兩次培養采用不同的菌株時，更應注意清洗和殺菌工作。玻璃發酵罐內可進行清洗的任何部分都應認真清洗，否則都可能成為雜菌的滋生地。易被忽略而不能充分清洗的地方有噴嘴角內部與取樣管內以及罐頂等處。

發酵罐 的清洗是非常重要的，但是很多人不太會，不但沒有清洗干凈，反而可能導致更惡劣的后果。

1.發酵過程會產生大量的蛋白質 、酒花樹脂、多糖、酵母等有機物和草酸鈣、硫酸鹽等無機物，在發酵罐清空后，有機物和無機物污物附著在罐壁上，呈黃褐色。酒石數量多時，表面呈現白色，如同鹽堿地表皮一樣，無機物與有機物相互交織在一起。

清洗時使用火堿，只是對去除有機物有作用，清洗溫度達到80℃以上，才會有較好的清洗效果。

清洗時采用單一的硝酸進行清洗，只是對無機物有一定效果，對有機物幾乎無效。而發酵 罐壁所結污物為無機物和有機物的混合物，使用單一清洗劑清洗困難。因此，有的啤酒廠每年都會對發酵罐進行一次大清洗，清刷發酵罐。

2.發酵罐壁T541防腐層部分損壞，經修補后，表面光潔度明顯下降，造成罐壁污物清洗困難。

3.洗罐器或洗球的磨損或堵塞，導致部分發酵罐清洗不夠，污物積累較多。

諸多因素會致使發酵罐經過幾年的使用后，會產生很多臟物質，比如罐壁積累了一定量的污物，使用常規清洗工藝難以清除。故每4至5年，可利用生產淡季對發酵罐進行深度清洗。這是最好地方法。