肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌（iCCA）是指起源于肝內(nèi)二級膽管及其分支以上的上皮腺癌，發(fā)病率占肝臟原發(fā)惡性腫瘤的10%到15%，并且在過去的幾十年中，確診病例和死亡率穩(wěn)步上升，目前主要的治療方法還是采用原發(fā)性肝癌相同的手術(shù)切除的辦法，輔以免疫檢查點抑制劑（ICIs）和針對腫瘤微環(huán)境（TME）的相關(guān)治療手段，但是針對無法切除的iCCA目前尚無切實有效的治療措施。

2021年底，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士團隊高強教授、中科院上海藥物所周虎研究員、中科院分子細(xì)胞科學(xué)創(chuàng)新中心高大明研究員等合作在期刊Cancer Cell發(fā)表了題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，在該研究中，樊嘉院士團隊發(fā)現(xiàn)TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1突變（融合）是肝內(nèi)膽管癌的主要驅(qū)動基因變異。

2023年7月24日，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士團隊高強教授、林健博士與臨港實驗室魏武研究員團隊合作在期刊Cancer Discovery（IF=28.1）在線發(fā)表題為“An inflammatory checkpoint generated by IL1RN splicing offers therapeutic opportunity for KRAS mutant intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，該研究揭示了KRAS突變與腫瘤前炎癥有因果關(guān)系，并被認(rèn)為是腫瘤發(fā)生的驅(qū)動因素。通過對從大量患者收集的多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，研究團隊還發(fā)現(xiàn)KRAS突變與特定的選擇性mRNA剪接相關(guān)，該剪接與肝內(nèi)膽管細(xì)胞癌的髓系炎癥有關(guān)。之后，研究團隊確定了一種負(fù)反饋機制，即白細(xì)胞介素1受體拮抗劑(IL1RN)-201/203由于選擇性剪接而上調(diào)，從而在KRAS突變體iCCA中發(fā)揮重要的抗炎作用。在KRAS突變的iCCA小鼠中，IL1RN-201/203上調(diào)和Anakinra（阿那白滯素）治療都通過改變中性粒細(xì)胞募集和表型來點燃顯著的抗腫瘤免疫反應(yīng)；此外，阿那白滯素治療協(xié)同增強了抗PD-1治療，激活了KRAS突變的iCCA小鼠腫瘤內(nèi)的GZMB+CD8+T細(xì)胞。在臨床上，研究團隊發(fā)現(xiàn)，在KRAS突變的iCCA患者中，IL1RN-201/203的高水平與抗PD-1免疫治療的良好反應(yīng)密切相關(guān)。

圖：這項研究的總體設(shè)計思路和實驗方法

研究團隊使用了大量的高通量數(shù)據(jù)，包括來自iCCA隊列和公共數(shù)據(jù)庫的完整外顯子組測序（WES）、批量RNA測序（RNA-seq）和BD單細(xì)胞測序（scRNA-seq），這些分析結(jié)果證實了KRAS突變和腫瘤之間的因果聯(lián)系，即促進(jìn)炎癥是iCCA的關(guān)鍵驅(qū)動因素。研究團隊發(fā)現(xiàn)了一個新的炎癥檢查點，該檢查點由IL1RN的mRNA選擇性剪接產(chǎn)生，它可以通過調(diào)節(jié)中性粒細(xì)胞的募集和極化來抑制KRAS突變介導(dǎo)的炎癥信號級聯(lián)反應(yīng)、腫瘤進(jìn)展和ICI抵抗。這些發(fā)現(xiàn)表明，IL1RN選擇性剪接可能是治療KRAS突變癌癥的有效靶點。

圖：IL1RN-201/203轉(zhuǎn)錄本的負(fù)反饋及其在ICCA中的下游功能示意圖

文中，研究團隊也應(yīng)用Absin多重?zé)晒饷庖呓M化技術(shù)（mIHC），對模型小鼠做了一些蛋白層面的染色驗證。

圖：IL1RN-201/203或Anakinra治療組在Yak和KP小鼠中CD8+T細(xì)胞的滲透顯著增加

圖：與IL1RN_MX PSIlow KRAS突變樣本相比，IL1RN_MX PSIlow KRAS突變樣本的CXCR4+和LSP1+中性粒細(xì)胞密度略有下降，而CXCL2+中性粒細(xì)胞和GZMB+CD8+T細(xì)胞密度增加

本研究全面介紹了選擇性mRNA剪接的情況，并確定了由IL1RN選擇性剪接產(chǎn)生的新的炎癥檢查點，這為治療KRAS突變的iCCA提供了一種有效的選擇。更廣泛地說，對這種類型的負(fù)反饋環(huán)路的深入研究將有助于揭示KRAS突變癌癥的生物學(xué)，從而推動對這些受影響患者的靶向策略的探索。

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