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生化分析實驗中需要用純水作為生化反應的載體、介質、和樣品的稀釋液，純水水質的好壞將直接影響到其檢測結果的好壞和可信度。這是因為不合格的含有大量的雜質，水中的雜質主要有：
1、電解質，常見的有H+，Na+，K+，NH4+，Mg2+，Ca2+，Fe3+，Cu2+，Mn2+，Zn2+，A13+等陽離子和F-，Cl-，NO3-。HCO3-，SO4(2-)，PO4(3-)，H2P04-，HSiO3-等陰離子；
2、有機物質，如有機酸、農藥、烴類、醇類和酯類等；
3、顆粒物；
4、微生物；
5、溶解氣體(N2，02，C12，H2S，CO，C02，CH4等)；
6、其它。
水中不同雜質成分對生化分析僅及檢測結果的影響：
電解質
1、電解質中含有的陽離子、陰離子等多種離子會對血清產生影響，會讓血清中的離子含量升高，讓血清檢測結果中的各種項目產生影響；
2、電解質中含大量的酶的輔因子，當金屬離子含量較高時往往會導致酶活性的檢測超標，比如Mg2+多種磷酸化激酶的激活劑，純水中的含量超標會導致這些酶活性測定值升高，另外，許多重金屬離子對酶還有抑制效果，就會導致實驗時酶活性下降；
3、電解質含量較高的水非常容易形成結晶現象，導致蛋白等有機物變性的附著在管道系統，從而使得生化分析儀的管理易于堵塞，長時間下去會讓生化儀無法正常實驗，損壞生化儀，另外對于反應杯的清洗也造成了困擾，會讓反應杯更加容易老化和損壞。
有機物質
有機物質的影響主要在于對類似物質測定時導致類似物質測定結果的升高。同時，有機物含量升高也會加速管道系統和反應杯的清洗困難及老化。
顆粒物的影響
顆粒物一般很難通過純水系統進入生化分析儀管道和反應系統，其來源一般都是三級純水或一級純水的儲水箱發生二次污染，但是一旦進入除了會導致吸光度升高外，還很容易堵塞管道和損壞反應杯。
微生物的影響
微生物的去除主要依賴反滲透膜和紫外殺菌系統，純水系統還在純水箱或超純水處加裝紫外殺菌或者微濾、超濾等裝置，迸-步除去水中殘余的細菌、微粒、熱源等。因為微生物及其產物就能進入生化分析儀管道系統和反應系統，可能出現的情況有兩種：
①微生物在管道及反應系統孽生，導致管道堵塞，同時令吸光度和杯空白升高；
②微生物產生特定的酶對生化分析儀酶測定產生影響，具體產生什么影響取決于污染菌的類型。
溶解氣體
溶解氣體增多產生的影響有：
①對同種氣體的測定的影響；
②對水的pH值也產生影響，如CO2，Cl2，H2S等溶解增多導致水pH值的下降，也對pH值依賴性較強的生化項目測定產生影響；
③某些氣體如Clz增多，因其自身氧化性較強，會對與氧化還原反應相關的生化測定項目產生影響，如對基于340nm處NADH和NADPH有吸收峰而建立的ALT，AST，BUN等的測定方法，會導致測定值的升高。
其它雜質的影響
有些純水系統也將最終生成的超純水或一級純水儲存于水箱中，當水箱有生銹情況時導致鐵測定不正常；還有當機械裝置密封不嚴造成的漏油時導致TG測定結果升高。這些情況雖然少見，但也最容易被忽視。
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