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實驗室氣相色譜儀的幾大系統由載氣系統、進樣系統、分離系統、檢測系統、信號記錄或微機處理系統、溫度控制系統組成。分離系統的核心是色譜柱，它的作用是將多組分樣品分離為單個組分。溫度控制系統用于控制和測量色譜柱、檢測器、氣化室溫度，是氣相色譜儀的重要組成部分。進樣就是把氣體或液體樣品勻速而定量地加到色譜柱上端。色譜數據處理機可打印記錄色譜圖，并能在同一張記錄紙上打印出處理后的結果，如保留時間、被測組分質量分數等。檢測器的作用是把被色譜柱分離的樣品組根據其特性和含量轉化成電信號，經放大后，由記錄儀記錄成色譜圖。氣相色譜儀中的氣路是一個載氣連續運行的密閉管路系統。
當實驗室氣相色譜儀出現問題時應首先從以下方面去考慮：
1.漏
因為氣相色譜儀的分離和信號都與載氣、輔助氣分不開，所以任何一部分泄漏都會造成峰形的變異、靈敏度的變化等現象。易漏的部分有管線接頭、密封圈、墊片，特別是容易老化的部件，在使用數月或數年以后因老化而泄漏。通過分段憋壓的方法很容易找到泄漏點。
2.堵
跟氣體有關。由于堵塞，使氣體流量改變甚至為零，造成信號失靈。如FID、FPD的噴嘴，由于積炭或二氧化硅的沉積而堵塞。
3.斷路
因線路和信號線一般較細，在操作過程中稍有相碰，都會造成斷路。保險絲的燒毀，線路板元件斷路也是一個方面。
4.接觸不良
線路板的插件，接線端子的表面氧化、松動以及導線的似斷非斷狀態。都是造成接觸不良的主要原因。
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