線粒體和內質網 (ER) 等代謝細胞器在大量細胞過程中起著至關重要的作用。線粒體和 ER 都是治療神經退行性和病毒性疾病以及癌癥的有前途的藥物靶點。

大家普遍認為，只有通過對完整細胞內的細胞器進行高分辨率 3D 掃描，才能更全面地了解細胞器功能。

線粒體的 3D 重建使生物學家對鈣儲存、代謝物的空間分布和嵴的大小有了更深入的了解。3D 可視化軟件還提供了對其他亞細胞結構（例如 ER 和微管）的結構和功能的深入了解。

SBF SEM 是一種用腔內超薄切片機/金剛石刀代替 FIB的技術，以在連續 SEM 掃描之間切下薄層。雖然 FIB SEM 通常提供比 SBF SEM 更高的 z 軸分辨率（因此提供更精細的結構細節，如嵴和納米隧道），但 SBF SEM 通常可以更快地對更大的樣品體積進行成像。

生成細胞器的 3D 圖像依賴于能夠從 2D 圖像“堆棧”中分割和重建 3D 結構的軟件。雖然為這些任務開發了許多軟件解決方案，但Amira軟件具有結合分割和 3D 重建的優勢，使研究人員能夠加快實驗工作流程。

Amira 軟件具有高度的通用性和可定制性：它提供了動畫制作工具，能夠為不同的細胞器分配不同的顏色或“材料”，兼容各種導入和導出文件，以及創建手動或半自動圖像分割的工作流程 。

在 mKO 衍生的骨骼肌細胞中研究了兩個特定基因（視神經萎縮 1 (OPA1) 和 mitofusin-2 (MFN-2)）的敲除對線粒體和 ER 中結構-功能關系的影響。

SBF SEM 用于成像對照和敲除細胞，而 Amira 軟件隨后分割和分析圖像數據。測量了線粒體和 ER 體積，并比較了每個感興趣基因敲除前后這些細胞器之間的接觸位點。

如圖所示：（A）野生小鼠捕獲組織的尺寸和（E）OPA1 smKO。（B, F）每個示例正交切片。（C, G）每個線粒體的三維表面渲染的疊加。（D,H）線粒體的三維表面渲染。

如圖所示：（A）果蠅飛行肌肉正交切片用于數據采集和轉換為3D模型的尺寸和數量。（B）單個正交切片，（C）線粒體（紅色）和 ER（藍色）的疊加 3D 重建。（D）線粒體和 ER 的 3D 重建。（E，F）分別顯示僅線粒體（紅色）和僅 ER（藍色），MERC 顯示為白色。

如圖所示：（A-D）SBF-SEM 組織的尺寸、分離的正交切片、3D 重建疊加和分化的 3D重建野生型肌管。（E）還顯示了野生型肌管的 3D 重建，線粒體單獨著色或 (F) ER 單獨著色。(G–J) SBF-SEM 肌管的尺寸、分化的正交切片、3D 重建疊加和 MFN-2 缺陷肌管的分化3D 重建。（K）線粒體的 3D 重建可以顯示為單一顏色或 (L) 單獨著色。

使用 Amira 軟件創建的高質量 3D 模型提供了細胞器分布和相互作用的清晰可視化，并闡明了更精細的形態位點。這使研究人員能夠直接觀察遺傳變化對單個細胞器形態的影響，而不是依賴生化信號來量化它們的行為。

Amira 軟件為一系列顯微鏡方法（包括 SBF SEM、FIB SEM、(μ)CT 和 MRI）提供數據可視化，使其成為細胞生物學應用的可視化軟件優良選擇。