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GC載氣中的常見的污染物有水分，氧氣，烴類化合物和鹵代烴，其對色譜柱的壽命及被分析物的檢測有很大影響，不良的影響包括：
水分：
是色譜柱固定相降解的常見原因；可以損壞儀器；
氧氣：
最常見的污染物；是色譜柱固定相降解和進樣口襯管性能下降的常見原因；可引起不穩定被分析物的分解；
烴類化合物和鹵代烴：
通過增加檢測器背景噪音而降低檢測器靈敏度；還可引起基線漂移或波動、污染物色譜峰、噪音或高的基線補償。
水分，氧氣，烴類捕集阱是GC中常用的捕集阱。
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