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超聲波均質機原理是利用超聲波在液體中的空化作用及其他物理作用來達到均質效果的，其中，空化作用是指在超聲波作用下，液體在強度較弱的地方產生空穴即小氣泡，小氣泡隨超聲脈動，在一個聲周期內，空穴會塌陷。超聲空化還會產生強烈的機械作用，在固體界面附近產生快速射流或聲沖流，在液體中產生強大的沖擊波。物理作用指的是超聲波可在液體中形成有效的攪動與流動破壞介質的結構、粉碎液體中的顆粒，主要是液體間碰撞、微相流和沖擊波導致顆粒表面形態變化。
1、安裝
將均質機置于平坦結實的桌面，就位后將高壓泵、均質閥、壓力表、單向閥、樣品罐等組件逐一安上(各組件相對獨立，可獨立拆卸和安裝)與此同時，備好空氣壓縮機或氮氣罐以及循環冷卻水，空氣壓縮機或氮氣罐用以提供動態均質閥所需的極小壓力(5-10bar) 以及管道沖洗時的壓力，循環冷卻水作為樣本制冷時的冷源，可保證樣本在均質過程中保持較低的溫度，避免樣本變性和失活。
2、清洗
在開機之前需檢查整個樣品通路，確保管路的清潔。將整個樣品通路中的各組件全部拆下，先用純水沖洗，再用0. 5MNaOH短時間沖洗，后用溫水沖洗干凈即可。待清洗干凈之后，可用熱蒸汽對各個組件進行消毒滅菌，亦可在安裝之后對管路進行10min左右的熱蒸汽循環滅菌。
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