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常見消毒方式有包括巴氏消毒、臭氧消毒以及化學消毒。一般來說，化學消毒在制藥用水不常用，驗證比較麻煩。常用巴氏消毒，對活性炭、RO、EDI消毒，防止微生物滋生，系統設計好也可以采用常溫RO膜、EDI，如果停機時間超過10天，可采用化學藥劑清洗。
(1)巴氏消毒：是指將液體加熱到一定溫度并持續一段時間，以殺死可能導致疾病、變質或不需要的發酵微生物的過程。
巴氏消毒有兩個主要功能：①用于純化水系統中的活性炭等預處理單元的周期性消毒，RO/EDI單元的周期性消毒，以及儲存與分配管網單元的周期性消毒；②用于注射用水系統正常運行時的微生物抑制。
(2)紫外線殺菌: 紫外線是通過減慢系統中新的菌落生長速度而影響生物膜的生成，但是這只對浮游微生物部分有效。紫外線主要有殺菌、降解TOC和破除臭氧等三個作用。
(3)臭氧殺菌：臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素。臭氧殺菌機制為通過氧化作用破壞微生物膜的結構而實現殺菌效果。臭氧殺菌系統除了操作簡單、水溫無波動、消毒時間短和降解生物膜等優勢外，管道材質選擇余地也非常大。臭氧殺菌系統能采用不銹鋼材質或PVDF材質進行建造，采用PVDF材質建造的純化水臭氧殺菌系統能有效降低投資成本。
(4)純蒸汽滅菌：指利用高溫高壓蒸汽進行滅菌的方法。由于純蒸汽的穿透力強，蛋白質、原生質膠體在濕熱條件下容易變性凝固，酶系統容易被破壞，蒸汽進入細胞內凝結成水，能放出潛在熱量而提高溫度，更增強了殺菌力。
(5)過熱水殺菌：指利用高溫高壓過熱水進行滅菌的方法。與純蒸汽殺菌一樣，過熱水能使蛋白質、原生質膠體在濕熱條件下變性凝固，酶系統被破壞，可殺死一切微生物，包括細菌的芽孢，真菌的孢子或休眠體等耐高溫的個體。
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