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反相c18色譜柱液相色譜分析中，色譜柱的選擇直接影響了分離效果的好壞，選擇合適的色譜柱可以縮短方法開發所需的時間，并且使方法更具穩定性。
反相c18色譜柱的參數可以給我們提供一個初步的選擇，但由于各個儀器廠商的填料技術和鍵合技術都有差異。即使都是C18柱，不同品牌、同一品牌不同系列都有不同的功能，有能耐受低pH值的、有耐高溫的、有適合堿性樣品的等等。
反相c18色譜柱的粒徑，影響色譜分離度。粒徑越小，分離越快，柱效越高，但柱壓力越高，柱容易被污染，導致柱壽命降低。常見分析柱通常使用5um填料，復雜的多組分樣品分離一般使用3.5um粒徑，更大內徑的制備色譜柱通常使用更大的粒徑。
如果固定相選擇是正確，但是分離度不夠，那么選用更小的粒度的填料是很有用的。3.5um填料填充柱的柱效比相同條件下的5um填料的柱效提高近30%；然而，3.5um的色譜柱的背壓卻是5um的2倍，因此如何選擇填料粒徑需要根據現實情況而定。
反相c18色譜柱的封端：用短鏈將裸露的硅羥基鍵合后封閉起來，以減少殘留的硅醇基，減輕待測組分與酸性硅羥基反應而引起的色譜峰拖尾現象。尤其對于極性樣品而言，未封端處理的色譜柱分離效果較差。
液相色譜柱的活化操作，以常見的C18反相分析柱為例，出廠時一般都封裝有甲醇或乙腈等有機溶劑。隨著時間的推移，色譜柱內的有機溶劑緩慢揮發，色譜柱內可能出現氣泡。因此，新購買的色譜柱在使用前一般都要進行活化操作。
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