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毛細管色譜柱利用色譜柱先將混合物分離，然后利用檢測器依次檢測已分離出來的組分。色譜柱的直徑為數毫米，其中填充有固體吸附劑或液體溶劑，所填充的吸附劑或溶劑稱為固定相。與固定相相對應的還有一個流動相。流動相是一種與樣品和固定相都不發生反應的氣體，一般為氮或氫氣。 待分析的樣品在色譜柱頂端注入流動相，流動相帶著樣品進入色譜柱，故流動相又稱為載氣。載氣在分析過程中是連續地以一定流速流過色譜柱的；而樣品則只是一次一次地注入，每注入一次得到一次分析結果。
注意事項：
1、使用前要弄懂柱子的使用說明書，關鍵是老化方法，老化溫度，最高使用溫度。
2、使用中不能超過最高使用溫度，我們都留有50℃的余地。
3、在使用前用超過試驗最高溫度10~20℃老化10~30分鐘。
4、如果較長時間不使用，在開機前要通載氣30~40分鐘，使系統中可能有的空氣全部被排除后才能開機升溫。
5、試驗完畢后要將柱箱溫度降至室溫后再關機、關載氣的總閥，并讓氣路中的載氣全部排出，防止柱箱溫度小幅回升可能給柱子帶來不利的影響。
6、載氣壓力盡可能不要太高。
7、柱子必須置于柱架上，毛細管柱的任何部分都不能接觸柱箱壁。
8、如果不通入載氣就對色譜柱進行加熱，會快速的損壞色譜柱。
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