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凝膠滲透色譜柱利用體積排阻的分離機理，通過具有分子篩性質的固定相，用來分離相對分子質量較小的物質，同時分析分子體積不同、具有相同化學性質的高分子同系物。當樣品從色譜柱中洗脫出來，使用一個或者多個檢測器對其進行檢測，通過傳統校正曲線、通用校正曲線，通過三檢測聯用，結合濃度檢測器、粘度檢測器和光散射檢測器，得到不同物理參數的分布。
凝膠滲透色譜柱的分離過程：
它的分離過程是在裝有多孔物質為填料的色譜柱中進行的，一個填料的顆料含有許多不同尺寸的小孔（這些小孔具有一定的分布），這些小孔對于溶劑分子來說是很大的，它們可以自由地擴散出入。
由于高聚物在溶液中以無規線團的形式存在，且高分子線團也具有一定的尺寸，當填料上的孔洞尺寸與高分子線團的尺寸相當時，高分子線團就向孔洞內部擴散。
顯然，尺寸大的高聚物分子，由于只能擴散到尺寸大的孔洞中，在色譜柱中保留的時間就短；而尺寸小的高聚物分子，幾乎能夠擴散到填料的所有的孔洞中，向孔內擴散的較深，在色譜柱中保留的時間就長。因此，不同分子量的高聚物分子就按分子量從大到小的次序隨著淋洗液的流出而得到分離。
凝膠滲透色譜柱的安裝和使用：
在連接色譜柱之前，預先用即將使用的流動相體系置換以前用的流動相體系。
在連接色譜柱時，要趕走因色譜柱保存不當或長時間不用在色譜柱的進口或者出口處產生的一些氣泡。
連接色譜柱要注意標示的色譜柱進出口方向。
如果分析所用的溫度較高，應在較低的流速下緩慢地升高溫度，當溫度達到設定溫度后，再慢慢地增大流速至設定值。
如果凝膠滲透色譜柱需要較長的時間才能平衡穩定，檢查色譜柱連接處是否有漏液。
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