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倒置熒光顯微鏡特點是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45°角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。
倒置顯微鏡具有在培養瓶或培養皿內進行顯微觀察的特點；可以觀察不經染色的透明活體；落射熒光顯微適用于熒光顯微術。該儀器適用于對活體細胞和組織、流質、沉淀物等進行顯微研究，是生物學，細胞學，腫瘤學，遺傳學，免疫學等研究工作的理想儀器。可供科研、高校、醫療、防疫和農牧等部門使用。倒置熒光顯微鏡是由倒置顯微鏡和落射熒光顯微鏡組成。儀器配有長工作距離平場消色差物鏡、大視野目鏡、雙目觀察，倒置顯微鏡還配有*長或*長工作距離聚光鏡，同時配有相襯裝置及長工作距離平場相襯物鏡。
倒置熒光顯微鏡的功能之三是熒光觀察，其基本原理是利用激發光激發樣本產生熒光，從而實現樣本的形狀與定位觀察，主要適用于熒光標記樣本的觀察。熒光觀察是倒置熒光顯微鏡的重要功能，其配件貴且使用特殊。要想醫學研究生正確地掌握熒光觀察的操作使用規范，教師除了教會他們掌握基本的操作方法，同時更為重要的是教會他們掌握它的特殊性。在標本制作中，載玻片和蓋玻片應表面光潔且厚度適宜（載玻片在0.8mm~1.2mm之間，蓋玻片在0.17mm左右）；標本應厚度適宜，同時避免細胞重疊或雜質掩蓋；封裱劑應使用甘油和碳酸鹽緩沖液（0.5mol/L PH9.0～9.5）的等量混合液。其次，在熒光觀察前，應關閉房間內的電燈和倒置熒光顯微鏡的白光，確保處于暗室環境。*后，在熒光觀察中，應嚴格控制觀察時間，一般以1~2小時/次為宜，否則熒光會出現衰減和消失的現象；調整光源時應佩戴防護眼鏡，避免紫外線對眼鏡的傷害。
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