目前，傳統(tǒng)的雙參數(shù)直方圖(點(diǎn)狀圖)“門控"分析方法仍然被頻繁使用。但隨著流式細(xì)胞術(shù)實(shí)驗(yàn)的參數(shù)和復(fù)雜性的增加，新的聚類數(shù)據(jù)分析方法得到使用，比如PCA、SPADE以及tSNE等，這些新的數(shù)據(jù)分析方法使研究者能夠從流式細(xì)胞術(shù)高維數(shù)據(jù)中提取有用的信息。

FCS文件標(biāo)準(zhǔn)：

FCS文件格式創(chuàng)建于1984年，用于標(biāo)準(zhǔn)化流式細(xì)胞術(shù)列表模式數(shù)據(jù)文件。所有流式細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù)文件都有“.fcs"文件擴(kuò)展名，以被任何的流式細(xì)胞術(shù)分析程序讀取。目前，F(xiàn)CS文件標(biāo)準(zhǔn)是FCS 3.1。

常規(guī)流式細(xì)胞術(shù)分析：

常規(guī)的流式細(xì)胞術(shù)分析，即選定目標(biāo)細(xì)胞群所在區(qū)域（門控），并根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要，選擇參數(shù)對選定的細(xì)胞群進(jìn)行分析。例如，輔助T細(xì)胞群先根據(jù)CD3+、CD4+的表達(dá)被選定。之后，再根據(jù)活化標(biāo)記物（比如CD25）的表達(dá)選定活化細(xì)胞群所在區(qū)域，進(jìn)行活化分析。

除了與流式細(xì)胞儀配套的軟件之外，還有多種商業(yè)化計(jì)算機(jī)程序能夠用于流式細(xì)胞術(shù)數(shù)據(jù)的分析。目前，流式分析軟件有FlowJo、WinList、FCS Express、Kaluza和WinMDI。

細(xì)胞周期分析

細(xì)胞周期分析軟件程序使用倍性建模來確定由 DNA 直方圖表示的細(xì)胞周期階段。ModFit LT是一個(gè)專門用于這類分析的程序。此外，F(xiàn)lowJo有一個(gè)細(xì)胞周期分析模塊。

高維數(shù)據(jù)分析：

使用常規(guī)流式細(xì)胞術(shù)分析方法對高維數(shù)據(jù)進(jìn)行分析是繁瑣的，會消耗大量時(shí)間，因?yàn)楦呔S數(shù)據(jù)往往含有14個(gè)以上的參數(shù)。另外，使用常規(guī)的“門控"方法難以確定多個(gè)標(biāo)記之間的關(guān)系，可能會導(dǎo)致目標(biāo)細(xì)胞群的丟失。目前，已有多個(gè)新的分析工具可用于高維數(shù)據(jù)的分析以及可視化，比如SPADE (Spanning-tree progression analysis of density-normalized events)，tSNE (t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)，PCA (Principal component analysis)，以及FLOCK (FLOw clustering without K)。算法上，tSNE與PCA相似，但是tSNE能夠比PCA識別出更多的共分離特性。tSNE可作為FlowJo和FCS Express的插件使用。

此外，Cytobank是一個(gè)高維數(shù)據(jù)的云端分析系統(tǒng)，分析參數(shù)可達(dá)30個(gè)以上。在這里，用戶通過上傳數(shù)據(jù)并選擇相應(yīng)的分析項(xiàng)目進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。Cytobank的聚類、降維和可視化工具充分利用云計(jì)算的可伸縮性，可快速進(jìn)行大量分析。

以上是上海研域生物數(shù)據(jù)介紹詳細(xì)分析篇，希望對您的科研事業(yè)有所幫助！