What is Co-IP？
Co-IP全稱Co-Immunoprecipitation，中文學名免疫共沉淀，是一種以抗體和抗原識別專一性為基礎，用于研究蛋白質之間相互作用的經典方法。

通俗點來說，假設我們需要研究樣品中A蛋白和B蛋白之間是否存在一些相互作用，首先我們通過合適的方法處理樣本，將蛋白提取出來（同時不能破壞蛋白之間的相互作用），然后用預先結合了瓊脂糖珠或者磁珠的A蛋白抗體捕獲樣本中的A蛋白，那么與A蛋白結合的B蛋白也能一起沉淀下來。再將蛋白從珠子上裂解下來，對B蛋白進行檢測，能檢測到，說明B蛋白在之前的沉淀過程中隨著A蛋白一起被拉下來了，進而證明二者之間存在相互關系。
 
How to do？
實驗流程

 
A few tips：
如何理解文獻中的結果？
 
各名稱解析：
IB：全稱immunoblotting，即免疫印跡，也就是常規的Western Blotting，用于顯示目的蛋白。
IP：全稱immunoprecipitation，即免疫沉淀，這一步主要是為了純化富集目的蛋白。
Input：全細胞裂解液，含有細胞內所有的蛋白，可認為是陽性組。也就是處理完樣本得到的細胞裂解液，在做IP實驗之前，需要先跑WB，確認樣本中含有蛋白A和蛋白B。
Anti-A：A蛋白的免疫共沉淀抗體
IgG：Anti-A的同型對照抗體，即跟Anti-A同來源同種型，如Anti-A是兔來源IgG型，則同型對照抗體需要選擇Rabbit IgG（abs20035）

結果圖解析：
該結果是為驗證蛋白A與蛋白B是否存在相互作用。本實驗一共分為兩大組：Input組及IP組，其中IP組又分為IgG組（陰性對照組）和實驗組，并通過WB去驗證蛋白A和B在每一個組里面是否存在。由Input組的條帶可以得到結論：蛋白A與蛋白B都是存在的，證明樣本處理提取蛋白的步驟沒有任何問題。陰性對照IgG組和實驗組平行進行免疫沉淀實驗，結果蛋白A與蛋白B均沒有條帶，說明利用IgG抗體沒有把蛋白A和B沉淀下來，證明蛋白A和B與IgG沒有結合，排除了蛋白與抗體非特異性結合的可能性；而實驗組蛋白A和B均有條帶，表示利用蛋白A的抗體進行沉淀實驗，成功把蛋白A沉淀下來了，與此同時蛋白B也被沉淀下來，進而得到結論：蛋白A與蛋白B之間存在相互作用。

試劑盒寫著50T，意思是能做50次Co-IP實驗？
確切來說，試劑盒的50T代表著能夠完成50次免疫沉淀反應，而實際上免疫共沉淀實驗需要設置多個組別進行對照驗證，因此具體能夠完成多少次Co-IP實驗由設計方案決定，一般至少需要設置陰性對照、陽性對照、實驗組三個組別。

預清除步驟的作用是什么？必須要進行嗎？
這個步驟的目的是為去除樣本中可與protein A/G瓊脂糖珠非特異結合的蛋白質，減少干擾，非必做，如CoIP實驗中發現有較多雜帶，可考慮做一下；但應注意，選擇此步驟后，需要消耗瓊脂糖珠，后續能夠進行免疫沉淀的次數也相應減少。

陰性對照IgG組出現條帶是什么原因？
首先需要排除lgG和后續WB一抗同源導致的輕重鏈的干擾條帶（25kd和50kd附近）；再者建議進行預清除實驗以排除Protein A/G的非特異性結合；再就是考慮lgG的問題可以換用其他品牌lgG嘗試。

出現假陽性結果該怎么排除？
假陽性結果需要設置對應的陰性對照組一一排除，假設實驗組為瓊脂糖珠+抗體X+靶蛋白X+抗體Y+目的蛋白Y：

最后的實驗結果是陰性的，是否能說明兩個蛋白之間無相互作用？
對于內源性Co-IP實驗，陰性結果不能說明無相互作用，也有可能是蛋白在細胞內表達過低導致，因此建議先做過表達Co-IP作為對照。

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