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在電子顯微鏡下能看到線粒體、內質網、中心體、葉綠體，高爾基體、核糖體等細胞器，在光學顯微鏡下能看到質體與液泡。
通常將細胞器分為：線粒體；葉綠體；內質網；高爾基體；溶酶體；液泡，核糖體，中心體。其中，葉綠體只存在于植物細胞，液泡只存在于植物細胞和低等動物，中心體只存在于低等植物細胞和動物細胞。
在中學階段，細胞核并不承認為細胞器，而在大學階段，細胞核則被認為是細胞中最大，最重要的細胞器。
另外在細胞中，胞質溶膠約占細胞總體積55%，其中存在幾千種酶。大多數中間代謝（包括糖酵解、糖原異生作用以及糖類、脂肪酸、核苷酸和氨基酸的合成）都是在胞質溶膠中進行的。
細胞質基質實質上是一個在不同層次均有高度組織結構的系統，而不是一種簡單的溶液。然而，在普通透射電子顯微鏡下卻看不到細胞質基質內的有形構造。
電子顯微鏡技術的應用是建立在光學顯微鏡的基礎之上的，光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。
對于電子顯微鏡分，辨能力是其的重要指標，電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點的最小間距來表示，即稱為該儀器的最高點分辨率：d=δ。
顯然，分辨率越高，即d的數值（為長度單位）愈小，則儀器所能分清被觀察物體的細節也就愈多愈豐富，也就是說這臺儀器的分辨能力或分辨本領越強。
對于光學顯微鏡是利用凸透鏡的放大成像原理，將人眼不能分辨的微小物體放大到人眼能分辨的尺寸，其主要是增大近處微小物體對眼睛的張角（視角大的物體在視網膜上成像大），用角放大率M表示它們的放大本領。
因同一件物體對眼睛的張角與物體離眼睛的距離有關，所以一般規定像離眼睛距離為25厘米（明視距離）處的放大率為儀器的放大率。光學顯微鏡顯微鏡觀察物體時通常視角甚小，因此視角之比可用其正切之比代替。
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