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FISH探針可分為位點特異性探針和著絲粒探針，位點特異性探針又可分為計數探針和融合/分離探針。計數探針是通過標記一段特異性的DNA片段，通過計數信號的數量而判斷染色體或基因狀態的一種標記探針。由于正常人的染色體/基因是二倍體，那么正常人的檢測信號就是兩個，當信號多于兩個或者少于兩個，便可判斷染色體或者基因發生了異常。
FISH探針基本原理是將DNA(或RNA)探針用特殊的核苷酸分子標記,然后將探針直接雜交到染色體或DNA纖維切片上,再用與熒光素分子偶聯的單克隆抗體與探針分子特異性結合來檢測DNA序列在染色體或DNA纖維切片上的定性、定位、相對定量分析。
該技術具有快速、安全、靈敏度高以及探針可長期保存等特點，目前已廣泛應用于細胞遺傳學、腫瘤生物學、基因定位、基因作圖、基因擴增、產前診斷及哺乳動物染色體進化研究等領域。
FISH探針的加樣：參照選用廠商推薦或經過本實驗室有效性驗證納入標準化操作流程文件的探針加樣量，加到待雜交組織中央處，使用合適的蓋玻片，橡膠水泥密封四邊。
注意事項：
探針的使用和配制遵照本單位選用試劑的產品說明書操作；
蓋玻片一般采用硅化蓋玻片或無菌的蠟膜；
注意環境光強度，避免太陽光或強烈的光照；
加蓋玻片時注意不要留有氣泡，避免因氣泡造成干片現象，導致無雜交信號或雜交率降低；
蓋玻片邊緣封膠不嚴密也會出現干片現象。
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