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水質自動監測是設立在河流、湖泊、水庫、飲用水源地、地下水觀測點、近岸海域等流域內的現場水質自動分析的無人值守實驗室。是利用現代儀器分析技術、自動控制技術、計算機應用技術和通訊傳輸網絡組成的在線水質自動監測系統。
水質自動監測站能自動、連續、準確地監測目標水域的水質及其變化狀況，并對各儀器監測結果、運行狀態進行采集，存儲并傳輸至中心控制室，中心控制室可隨時調取各水質自動監測站的監測數據及儀器狀態信號，對監測數據進行統計處理，存入數據庫，并以各種報告形式打印輸出，進而實現對下游水域進行水質污染預報，研究水體擴散、自凈規律，以期達到掌握入境、入湖(庫)、入海斷面的水質和污染物通量，防治水污染事故為水環境保護管理部門提供技術服務的目的。
水質自動監測采水系統包括：取水泵、取樣管路、采樣頭/浮筒及安裝采水設備的建筑設施等。采樣系統的主要功能是：自動連續或受控地向水站內儀器提供能反映水質狀況的水樣。對采水系統的要求是：取水設備能在各種環境、氣候條件下正常工作，適應水位變化，在水中泥沙及懸浮物較多的條件下能取到水樣。
配水系統包括：除泥沙和過濾裝置、管道自動清洗和殺藻裝置，水樣分配裝置、廢液收集裝置等。配水系統的主要功能是：提供滿足各種儀器要求的壓力、流量、水質條件的水樣，自動或受控地進行管路清洗、殺藻、除沙，水樣壓力或流量的調節及顯示等。
水質自動監測系統的運行是由專用的控制設備控制完成的。硬件部分的組成通常是PLC或工控機以及執行機構等。常用軟件有組態王或機器語言編程的應用軟件等。控制和數據采集系統完成的主要功能是：系統運行過程控制，數據采集、處理及存儲等。
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