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C18液相色譜柱在吸附樣品時，樣品中所含有的鹽、脂質、疏水蛋白質和其它一些生物物質都有可能與其發生相互作用，一些保留值較小的物質如鹽類比較容易被沖出，而一些保留性較強的組分，流動相溶液不足以把這些物質洗脫下來，多次上樣后，這些吸附在柱子表面的物質通常就會積累在柱頭。
其柱粒徑為2.7μm，由1.7μm直徑的實心核和0.5μm厚的多孔外層構成。這種小粒徑填料具有與亞2微米柱類似的高柱效，但柱反壓低40-50%。這種高柱效、高分離度色譜柱可以用于任何類型的液相色譜。多孔層和實心核限制了擴散距離，提高了分離速度，而窄粒徑分布提高了柱效和分離度。
C18液相色譜柱出現顆粒物堵塞的原因：
可能堵塞進口端篩板（前篩板）和柱頭填料間隙的顆粒物來源有：樣品（制樣時灰塵和濾紙等帶入）、進樣閥密封圈磨損、流動相（溶劑本身含有和配制過程進入）、液相儀器中泵閥密封圈的磨損、緩沖鹽析出（一般在梯度運行和進樣時鹽的溶劑環境改變導致）。水和緩沖鹽流動相內生長的細菌，也是顆粒物來源的一種，可堵塞篩板和填料間隙。應避免將這類流動相在室溫下久放，可放入冰箱存放。
那么如何進行預防呢？
樣品（甚至標準品）和流動相過濾，既預防了篩板、柱頭和毛細管堵塞，又能減少進樣閥、活塞桿和截止閥等儀器關鍵部件的磨損。濾膜材質有再生纖維素、聚四氟乙烯、尼龍、硝酸纖維和醋酸纖維等，須根據和樣品溶劑及分析物的適應性慎重選擇。在線過濾器內裝有可更換的濾片，濾片孔徑一般有2um和0.5um兩種。安裝位置有兩個可選擇，在進樣器和色譜柱之間時，對樣品和流動相中的顆粒物都有效；在泵和進樣器之間，則只對流動相有過濾作用。
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