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全自動核酸質譜檢測系統是樣品分析物與芯片基質（硅化合物）共價結合形成結晶后在質譜儀的真空腔中經高能激光激發，核酸分子解吸附為單電荷離子；在電場中離子飛行時間與離子的質量成反比相關，通過檢測解吸的核酸分子在真空腔中飛行的時間從而計算獲得樣品分析物的準確分子量，進而得到分析物的基因型信息。該平臺使用的是垂直飛行模式。
全自動核酸質譜檢測系統的主要原理是利用已知菌種建立數據庫，通過質譜檢測獲得細菌核糖體蛋白的指紋圖譜，將其與數據庫中的參考圖譜比對后得到鑒定結果。
質譜分析在醫學臨床診斷和研究方面變得非常普遍，我們可能經常會聽到用XX質譜分析在臨床檢驗某種遺傳代謝性疾病，提及質譜我們一般都會想到氣相色譜質譜聯用、串聯質譜、遺傳代謝病、代謝組學（有機酸、氨基酸、脂肪酸等）等。
在基質輔助下使結合后的分子發生電離，產生的離子在電場作用下加速通過飛行管道，它們的質量和所帶電荷可以影響其飛行時間，因此，根據它們到達檢測器飛行時間的不同對待檢測物進行分離。
PCR技術、測序和基因芯片，他們的主要區別在于。PCR，包括其它qPDR、dPCR以及LAMP、RPA等是利用酶進行核酸分子的擴增從而達到檢測這個分子的目的，不同技術在于信號讀取和反應條件不同，應用范圍也有所差異。
測序，包括一代，二代NGS，nanopore等是利用某種技術，把核酸分子的序列給測出來，從而得到基因的序列信息。基因芯片，是基于核酸分子鏈之間的互補關系去大規模的篩選出我們想得到的基因信息。
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