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由基因、蛋白質和代謝物的隨機表達引起的細胞異質性是細胞生物學的關鍵組成部分，但是，大細胞群體測序往往掩蓋了細胞間差異。
單細胞測序技術是指在單個細胞水平上，對基因組、轉錄組、表觀遺傳學組進行高通量測序分析的一項新技術。它能夠揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態，非常有利于反映細胞間的異質性，在腫瘤、發育生物學、微生物學、神經科學等各個領域發揮著重要的作用。
上海單細胞分離是單細胞測序中困難的步驟之一，單細胞分離過程復雜，操作繁瑣，并且花費巨大，這使得單細胞測序的發展受到了限制。近年來，隨著單細胞分離技術的不斷革新，顯著降低了細胞損失和運行成本，提高了單細胞捕獲的速度和精確度。
單細胞分離技術的不斷革新和完善使得單細胞測序成為生命科學的焦點之一。單細胞分離過程復雜，我們該如何選擇呢？
目前，從異質性的細胞群體中分離單細胞的技術主要有口吸管技術、極限稀釋法、激光捕獲顯微切割技術、熒光流式細胞分選法、微流控技術、納米孔過濾法等。
其中，極限稀釋法和顯微操作法等都屬于低通量的高勞動密集型上海單細胞分離方式，而流式分選技術可以較為穩定地、自動化地獲得單個細胞，很大程度上推動了高通量單細胞測序技術的發展。
近期開發的微流控技術，包括基于閥、液滴和納米芯片方式的開發，使以低成本方法同時對數千乃至數萬級別單個細胞進行測序成為可能，也逐漸將單細胞測序推向第三代測序的時代。
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