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離子阱質譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器。儀器的主要裝置放在真空中。將物質氣化、電離成離子束，經電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區，不同質量的離子受到磁場電場的偏轉不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質量譜。
離子阱質譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉移裂解模塊可以提供傳統裂解方法無法得到的蛋白質翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質量端碎片離子信息；
3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數據庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數據關聯掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和回旋共振質譜組合成的多級高分辨雜交質譜儀；
4、自動數據依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息。此外使用自動固定中性丟失數據依賴性掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用分析軟件增強復雜基質中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
離子阱質譜儀的優點：
1、結構簡單，體積小，容易抽真空，所以便攜式質譜會采用離子阱。
2、由于離子阱可以將某個離子限制在阱里面做軌道運動，所以可以對這個離子做二次碎裂（一般做法是加入氦氣，讓氦氣分子和離子進行碰撞碎裂），對二次碎裂后產生的碎片離子再進行碎裂，產生三級碎片，這個叫做多級質譜。
離子阱比較容易實現多級質譜，所以對某個特點物質的定性，多級質譜是個很有用的工具。
當然多級質譜也有很多局限，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂，即打不碎，而且離子阱碎片有三分之一效應，即質荷比是母離子1/3以下的碎片都觀察不到，對定性結論造成不確定性，所以多級質譜存在打不碎或者看不到的問題。
多級質譜適合對某一個或者幾個化合物的分子進行定性研究，要對上百種VOC化合物進行多級質譜顯然很不現實。
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