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微生物快速鑒定質譜可以鑒定的微生物的種類繁多，要快速定性定量檢測傳統的方法確實是很有難度的，要準確快速地檢測還是要選質譜鑒定的方法。質譜鑒定之所以準確的原因是因為質譜可以通過鑒定微生物代謝組來確定微生物的種類。
許多亞型的基因，甚至蛋白組可能高度類似，而代謝組作為一個微生物直接的功能表型，是區分微生物種類直接的手段。而且質譜相比傳統PCR鑒定也更有效，質譜的精度很高，只需要微量樣品，而且對于定性微生物鑒定也不需要知曉微生物的信息，直接通過代謝即可判定微生物是否為同一類。
激光激發靶板上的細菌與基質讓細菌的蛋白在真空的飛行管中。微生物快速鑒定質譜檢測器通過檢測蛋白飛行時間的不同來建立一個曲線圖譜進而與數據庫中的信息比對，得出可能的菌的種。
目前微生物室使用的質譜都為此類，結果一般按照系統比對情況按照評分列出名單，一般為評分高的（但要保證評分1.5／1.6以上才可取用，且評分規則為國際上的標準）。
質譜分析是一種通過測量離子質荷比（質量－電荷比），從而確定其質量的分析方法（通俗點講，質譜就是一種類型的“秤”，只不過它稱量的是離子的質量），在眾多的分析測試方法中被認為是一種同時具備高特異性和高靈敏度且得到了廣泛應用的普適性方法。
質譜儀器一般由進樣系統、離子源、質量分析器、檢測器、數據處理系統等部分組成。由于進樣方式、離子源、質量分析器等的不同，質譜儀分為不同的種類，臨床上常見的有液相色譜串聯質譜（LC－MS－MS）、氣相色譜串聯質譜（GC－MS－MS）、電感耦合等離子體質譜（ICP－MS）、基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜（MALDI－TOFMS）等等。
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