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全自動微生物質譜檢測系統由進樣系統、離子源、質量分析器、檢測器、數據處理系統等部分組成。由于進樣方式、離子源、質量分析器等的不同，質譜儀分為不同的種類，臨床上常見的有液相色譜串聯質譜（LC－MS－MS）、氣相色譜串聯質譜（GC－MS－MS）、電感耦合等離子體質譜（ICP－MS）、基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜（MALDI－TOFMS）等等。
全自動微生物質譜檢測系統的離子化方式是基質輔助激光解吸電離（MALDI），是一種“軟電離”的方式，這種電離方式可以產生穩定的分子離子，因而是檢測生物大分子的有效方法，廣泛地運用于生物化學，尤其對蛋白質、核酸的分析研究已經取得了突破性進展。
用一定強度的激光照射樣品與基質形成的共結晶薄膜，基質從激光中吸收能量，與樣品之間發生電荷轉移使得樣品分子電離。離子在高壓電場作用下加速進入飛行管中，小離子飛得快，先到達探測器，大離子飛得慢，后到達探測器，從而得出測定結果。
質譜分析是一種通過測量離子質荷比（質量－電荷比），從而確定其質量的分析方法（通俗點講，質譜就是一種類型的“秤”，只不過它稱量的是離子的質量），在眾多的分析測試方法中被認為是一種同時具備高特異性和高靈敏度且得到了廣泛應用的普適性方法。
分析食品變質的影響因素從三個方面入手：食品的組分和理化性狀，環境因素，微生物種類這三個因素中食品的組分和理化性狀是變質的基礎。
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