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凝膠成像系統是用不同染色(如EB、考馬斯亮藍、銀染、sybr綠)和非化學發光成像(如微孔板和平板)對DNA/RNA/蛋白質凝膠電泳進行檢測和分析。凝膠成像系統可用于常規生物工程研究，如分子量計算、密度掃描、密度定量和聚合酶鏈式反應的分析定量工作。
樣品在電泳凝膠或其他載體上的遷移率不同，因此與標準品或其他替代標準品進行比較將對未知樣品進行定性分析。這是圖像分析系統的定性基礎。未知樣品可以根據其在地圖中的位置進行定性分析，根據未知樣本在凝膠中的遷移率并輔助marker來對未知樣本進行分子量大小標定，鑒別目的產物等確定成分和性質的定性分析工作。
樣品部分吸收投射光或反射光，因此樣品條在通過攝影獲得的圖像上的光密度會不同。光密度與樣品的濃度或質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過與已知濃度的樣品條的光密度進行比較，可以得到未知樣品的濃度或質量。這是圖像分析系統的定量基礎。采用新的紫外透射光源和透射光源技術，使光線分布更加均勻，大限度解決光密度不均勻的影響。
一般來說，凝膠成像系統可應用于:凝膠成像系統可用于蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、聚氨基酸等生物分子的分離純化結果的定性分析。
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