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小羅開(kāi)講 | 數(shù)字PCR之“死體積”對(duì)定量結(jié)果的影響

來(lái)源:北京東南儀誠(chéng)實(shí)驗(yàn)室設(shè)備有限公司   2022年08月24日 08:51  

轉(zhuǎn)自:羅氏診斷生命科學(xué)微信公眾號(hào)

什么是dPCR系統(tǒng)的死體積

預(yù)反應(yīng)體積與反應(yīng)體積之差稱為死體積(dead volume)【1】,其中預(yù)反應(yīng)體積是指分區(qū)之前準(zhǔn)備的初始體積,包括master mix、引物、探針以及待檢測(cè)樣本;反應(yīng)體積是指被檢測(cè)到的分區(qū)總體積n×Vp,n為分區(qū)總數(shù),Vp為分區(qū)體積。

死體積一般是在分區(qū)過(guò)程中產(chǎn)生,如制備過(guò)程移液步驟過(guò)多、復(fù)雜管路設(shè)計(jì)、分區(qū)過(guò)程的擠壓設(shè)計(jì)、分區(qū)后的穩(wěn)定性等,有一些儀器的檢測(cè)過(guò)程也會(huì)降低樣品的利用率。

任何生物分析都存在二次抽樣誤差,只有部分樣品被分析而不是全部,導(dǎo)致重復(fù)檢測(cè)之間的統(tǒng)計(jì)差異。例如血液樣本處理量可以達(dá)到幾毫升,而dPCR檢測(cè)體系一般只有幾十微升。二次抽樣是一個(gè)不可避免的誤差來(lái)源,尤其是在樣品中目標(biāo)分子很少的情況下。由二次抽樣引起的檢測(cè)誤差可以由以下公式(1)進(jìn)行計(jì)算【2】,其中m是二次取樣中目標(biāo)分子的數(shù)量,對(duì)于95%的置信度,Zc應(yīng)為1.96。

死體積的存在導(dǎo)致dPCR運(yùn)行過(guò)程中對(duì)樣品進(jìn)行再次抽樣,其引起檢測(cè)結(jié)果的影響可參考二次抽樣誤差計(jì)算。A. Lievens等人也模擬了不同樣品利用率和各種λ值的情況下再次抽樣對(duì)結(jié)果誤差的影響【3】

 

圖1 樣本利用率與檢測(cè)誤差率的關(guān)系

圖片來(lái)源:羅氏診斷整理

圖1縱坐標(biāo)表示誤差超過(guò)25%的結(jié)果比例,橫坐標(biāo)表示用于分析的樣本比例,圖1的A中:藍(lán)色表示目的基因λ=0.003,紅色表示目的基因λ=0.015,黃色表示目的基因λ=0.03;圖1的B中:藍(lán)色為目的基因λ=0.001,紅色為目的基因λ=0.005,黃色為目的基因λ=0.01。結(jié)果表明絕對(duì)誤差超過(guò)25%的結(jié)果比例與樣品利用率成負(fù)相關(guān),既死體積越大,出現(xiàn)誤差偏高的機(jī)率越大。

從一個(gè)簡(jiǎn)單的例子可以進(jìn)一步解釋死體積對(duì)dPCR檢測(cè)結(jié)果,尤其是低拷貝模板的檢出率的影響。

如圖2【4】所示:在不存在死體積的情況下,樣本拷貝數(shù)為15,分區(qū)數(shù)量為15。如死體積率為5%,有效分區(qū)數(shù)約為14~15,樣品檢出率在12~15拷貝之間;如死體積率為25%,有效分區(qū)在11~12,樣品檢出率在4-15拷貝;死體積率為50%,則有效分區(qū)數(shù)為7~8,樣品檢出率為2~13拷貝。死體積率越高,檢測(cè)結(jié)果的穩(wěn)定性越低,檢出限(LOD)也隨之降低,這一效應(yīng)在低拷貝樣品中尤其明顯。

 

 

圖2 dPCR分區(qū)

圖片來(lái)源:Journal of Food Protection, Vol. 74, No. 9, 2011, Pages 1404–1412.

與qPCR相比,dPCR檢測(cè)過(guò)程需要經(jīng)過(guò)分區(qū)這個(gè)過(guò)程,死體積率的出現(xiàn)不可避免,但死體積率與檢測(cè)結(jié)果的穩(wěn)定性和檢出限成負(fù)相關(guān),尤其是在檢測(cè)低拷貝樣品時(shí)需要重點(diǎn)關(guān)注dPCR系統(tǒng)的死體積率,盡可能選擇死體積率低的系統(tǒng),以保證結(jié)果的準(zhǔn)確性。

參考文獻(xiàn)

【1】Clinical Chemistry, Volume 66, Issue 8, August 2020, Pages 1012–1029 ;

【2】SLAS Technology, Volume 22, Issue 4, August 2017, Pages 369-386 ;

【3】PLoS One, Volume 11, Issue 5, May 2016 ;

【4】Journal of Food Protection, Vol. 74, No. 9, 2011, Pages 1404–1412.

* MC-CN-02328 有效期至2025年8月5日

活動(dòng)最終解釋權(quán)歸羅氏診斷生命科學(xué)所有。


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