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基質輔助激光電離質譜儀的主要配置：
（1）樣品盤采用工業標準的微滴定盤設計，可點384個樣品，能夠放1536個樣品；
（2）樣品靶可提供具有靶上增敏除鹽功能的技術，使靈敏度比普通樣品盤提高10-100倍；
（3）可選配多種形式的樣品靶板，擴展應用范圍。靶板將傳統的技術與現代MALDI技術聯用，尤其適合測定磷脂類樣品；
（4）離子源電離處為高靈敏度的無網格設計；
（5）采用非垂直激發樣品，軸向地將離子引出，使離子以簡單直接的路徑到達檢測器，提高離子傳輸效率，從而提高檢測靈敏度；
（6）配備智能化紅外激光自動清洗離子源裝置，通過軟件一鍵式完成離子源清洗，整個過程在15分鐘內完成，確保儀器長期穩定運行。
基質輔助激光電離質譜儀的裝置特征：
在寬分子量范圍內，保證高質量分辨率和高質量準確度
在合成高分子、蛋白質消化酶的分析中，具有不同分子量分布的樣品較多，因而需要能夠在寬分子量范圍內進行高質量分辨率、高質量準確度的分析。采用SpiralTOF模式離子光學系統，有著其它裝置不能比的性能。
線性模式TOF
適合于測試高分子量離子和解析容易產生自身碎裂的樣品。
串聯模式TOF/TOF
通過高能碰撞誘導解離可以進行MS/MS測試。由于具有高度的先驅離子選擇能力，可以從子離子譜圖中只選擇和觀察單一同位素離子。非常適合于復雜的子離子譜圖的解析。
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