PCR擴增儀的種類總體來說，可以分成兩大類，即普通PCR擴增儀和實時熒光定量PCR擴增儀。
一、 普通PCR擴增儀
1. 普通PCR擴增儀即通常所謂的定性PCR擴增儀。
2. 梯度PCR儀是由普通PCR儀衍生出的帶梯度PCR功能的基因擴增儀。
3. 原位PCR儀是由普通PCR儀衍生出的帶原位擴增功能的基因擴增儀。
二、 實時熒光定量PCR擴增儀
1. 金屬板式實時定量PCR儀，還可作為普通PCR儀使用，有的甚至帶梯度功能，可容納的樣本量大，無需特殊耗材，但溫度均一性欠佳，有邊緣效應，標準曲線的反應條件難以做到與樣品*一致。
2. 離心式實時定量PCR儀的PCR擴增樣品槽被設計為離心轉子，溫度均一性好，但可容納樣品量少，有的需用特殊毛細管作樣品管，增加了使用成本，也不帶梯度功能。
3. 各孔獨立控溫的定量PCR儀的不同樣品槽分別擁有獨立的智能升降溫模塊，各孔獨立控溫，適合多指標快速檢測，可實現任意梯度反應，但上樣不如傳統方法方便，而且需要du特的扁平反應管，使用成本較高。
三、 PCR擴增儀的性能指標、操作規程
 PCR擴增儀的性能指標
1.溫度控制是決定PCR反應能否成功的關鍵，主要包括溫度的準確性、均一性以及升降溫速度。對梯度PCR儀來說，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。
2.熒光檢測系統：實時熒光定量PCR擴增儀均有熒光檢測系統，主要包括激發光源和檢測器。
3.軟件：簡便的人性化設計最能滿足其需求。
4.多樣化樣品基座設計、熱蓋等都使PCR儀越來越人性化。
PCR擴增儀的操作規程
    普通PCR擴增儀的操作通常非常簡便，打開電源，儀器自檢，設置溫度程序或調出儲存的程序，運行即可。定量PCR擴增儀的操作其實和普通PCR儀無多大差別。