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超純水機主要采用反滲透膜技術，它的工作原理是對水施加一定的壓力，使水分子和離子礦物元素通過反滲透膜，而溶解在水中的大部分無機鹽（包括重金屬）、有機物、細菌、病毒等不能通過反滲透膜，使滲透的純凈水與不滲透的濃水嚴格分離；反滲透膜的孔徑僅為0.0001μm，而病毒的直徑一般為0.02-0.4μm，常見細菌的直徑為0.4-1μm。反滲透是一種膜分離技術驅動在選擇性滲透（半滲透）膜的幫助下通過壓力。當系統施加的壓力大于進水溶液的滲透壓時，水分子不斷透過膜，通過產水通道流入中心管，然后水中的雜質從一端流出，如離子、有機物、細菌、病毒等，在膜的入口側被截留，然后在濃縮水的出口端流出，從而達到分離凈化的目的。
這三個途徑都可能對超純水機造成污染：
1、水污染
超純水機的進水為超濾后的市政自來水，水質較為理想。然而，一些真菌通過孢子繁殖。雖然市政自來水在超濾前已經過氯化消毒，但部分真菌孢子可能處于假死狀態，進入反滲透。在反滲透進水管中加入還原劑，去除水中的余氯，從反滲透進水泵到反滲透出水的管路中沒有抑制細菌等微生物生長的氧化性殺菌劑，這為厭氧真菌等其他微生物創造了良好的生存條件，并使真菌和其他微生物能夠在這些部位快速繁殖和生長。
2、安全過濾器滋生微生物
超純水機的前置安全過濾器是進入反滲透之前的一個過濾設備，其過濾精度僅為5μm。具有很強的污染攔截能力。當被截獲的材料聚集在一起時，它就成為了微生物繁殖的理想環境。其他類似設備也因安全過濾器內異物的滋生而對超純水機產生影響。真菌隨水的流入進入反滲透體，在反滲透中滋生，影響設備運行。
3、超濾出水對系統的影響
這種影響微乎其微，但也不能排除。
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