檢測：在被感染后的幾天內，通過肉眼檢查培養物很容易檢測到細菌污染；受感染的培養物通常出現渾濁（即渾濁），有時表面有一層薄膜。培養基的 pH 值突然下降也經常遇到。在低倍顯微鏡下，細菌表現為細胞間微小的移動顆粒，在高倍顯微鏡下觀察可以分辨出單個細菌的形狀。

檢測：與酵母菌污染類似，培養物的 pH 值在污染的初始階段保持穩定，然后隨著培養物受到更嚴重的感染并變得渾濁而迅速增加。在顯微鏡下，菌絲體通常表現為細絲狀，有時表現為更密集的孢子團。許多霉菌物種的孢子在其休眠階段可以在極其惡劣和不適宜居住的環境中生存，只有在遇到合適的生長條件時才會被激活。

檢測：細胞培養物的病毒感染可以通過電子顯微鏡、使用一組抗體的免疫染色、ELISA 測定或使用適當病毒引物的 PCR擴增來檢測。

一些生長緩慢的支原體可能會在培養物中持續存在而不會導致細胞死亡，但它們可以改變培養物中宿主細胞的行為和新陳代謝。

檢測：慢性支原體感染可能表現為細胞增殖率降低、飽和密度降低和懸浮培養中的凝集；然而，可靠的檢測支原體污染的方法是定期使用熒光染色（例如，Hoechst 33258）、ELISA、PCR、免疫染色、放射自顯影或微生物測定對培養物進行檢測。

檢測：與細菌污染一樣，被酵母菌污染的培養物會變得渾濁，尤其是當污染處于晚期時。被酵母菌污染的培養物的 pH 值幾乎沒有變化，直到污染變得嚴重，在此階段 pH 值通常會增加。在顯微鏡下，酵母表現為單個卵形或球形顆粒。