毛細管柱的選擇一般建議從以下幾方面考慮：

一、毛細管柱柱長度的選擇：

　　一般情況，15m柱用于快速篩選簡單混合物或分子量高的化合物。30m柱是普遍的柱長。超長柱(50、60或100、150m)用于非常復雜的樣品。分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下 , 為取得加倍的分辨率需有 4 倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品 ,尤其是由那些在結構、極性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。

二、毛細管柱柱內徑的選擇：

　　柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。

　　0.25mm ：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。

　　0.32mm ：柱效稍低于 0.25mm 的色譜柱，但柱容量約高 60% 。

　　0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時(如痕量分析)，選擇大口徑毛細管柱較為合適。

三、毛細管柱液膜厚度的選擇 ：

　　液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。

　　一般而言，色譜柱的膜厚為0.25到0.5um。對于流出達300℃的大多數樣品(包括蠟、甘油三酯、甾族化合物等)能夠很好的分析。對于更高的洗脫溫度，可以用0.1um的液膜。而厚液膜對于低沸點化合物有利，對于流出溫度在100℃～200℃之間的物質，用1～1.5um的液膜效果較好。超厚膜(3～5um)用于分析氣體、溶劑和可吹掃出來的物質，以增加樣品組分與固定相的相互作用。另一個選擇厚膜的原因是當用大口徑柱時保持分離度和保留時間。由于這個原因，大口徑柱都是有厚膜。厚膜的流失較大，溫度極限必須隨膜厚度增加而下降。