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全自動索氏提取儀是利用溶劑回流和虹吸原理，使固體物質每一次都能為純的溶劑所萃取，所以萃取效率較高。萃取前應先將固體物質研磨細，以增加液體浸溶的面積。然后將固體物質放在濾紙套內，放置于萃取室中。如圖安裝儀器。當溶劑加熱沸騰后，蒸汽通過導氣管上升，被冷凝為液體滴入提取器中。當液面超過虹吸管高處時，即發生虹吸現象，溶液回流入燒瓶，因此可萃取出溶于溶劑的部分物質。就這樣利用溶劑回流和虹吸作用，使固體中的可溶物富集到燒瓶內。
全自動索氏提取儀測定脂肪時應該注意的事項：
(1)樣品應干燥后研細，裝樣品的濾紙筒一定要緊密，不能往外漏樣品，否則重做。
(2)放入濾紙筒的高度不能超過回流彎管，否則C?H?OC?H?不易穿透樣品，脂肪不能全部提出，造成誤差。
(3)碰到含多量糖及糊精的樣品，要先以冷水處理，等其干燥后聯通濾紙一起放入提取器內。
(4)提取時水浴溫度不能過高，一般使C?H?OC?H?剛開始沸騰即可(約45℃左右)。回流速度以每8-12次/時為宜。
(5)所用C?H?OC?H?必須是無水C?H?OC?H?，如含有水分則可能將樣品中的糖以及無機物抽出，造成誤差。
(6)用于樣品測定脂肪，可按下式計算原來樣品脂肪的含量：脂肪(﹪)=( W1-W0)/W*(100-A)。
(7)將提取瓶放在烘箱內干燥時，瓶口向一側傾斜45℃放置使揮發物C?H?OC?H?易與空氣形成對流，這樣干燥迅速。
(8)樣品及醚提出物在烘箱內烘干時間不要過長，因為一些很不飽和的脂肪酸，容易在加熱過程中被氧化成不溶于C?H?OC?H?的物質；中等不飽和脂肪酸，受熱容易被氧化而增加重量.在沒有真空干燥箱的條件下，可以在100-105℃干燥1.5-3小時。
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