多功能蒸餾儀是由6個單元的加熱裝置組成的，玻璃蒸餾器皿洗刷儀器時，應首先將手洗凈，免得手上的油污附在儀器上，增加洗刷的困難，一般的全玻璃蒸餾器，如燒杯、燒瓶、錐形瓶、試管和量筒等，可以用毛刷從外到里用水刷洗，這樣可刷洗掉水可溶性物質、部分不溶性物質和灰塵。

若有油污等有機物，可用一定濃度的洗潔精水溶液浸泡一定時間后，再用蘸有洗滌劑的毛刷擦洗，然后用自來水沖洗干凈，再用純化水潤洗內壁2～3次。洗凈的玻璃儀器內壁應能被水均勻地潤濕而無水的條紋，且不掛水珠。

常使用磨口的玻璃儀器，洗刷時應注意保護磨口。玻璃蒸餾器皿在使用后須立即清洗，針對濾器砂芯中殘留的不同沉淀物，采用適當的洗滌劑先溶解砂芯表面沉淀的固體，然后用減壓抽洗法反復用洗滌劑把砂芯中殘存的沉淀物全部抽洗掉，再用蒸餾水沖洗干凈。

用來配制、盛放高濃度溶液的帶磨口塞的玻璃儀器，如，容量瓶、比色管、滴定管等，用后應及時把溶液倒出，廢棄處理或放入試劑瓶中貯存，并及時清洗，以防溶質析出，堵塞磨口塞，損壞玻璃儀器。

多功能蒸餾儀的清洗，在蒸餾一段時間后，水垢就積聚在橫式燒瓶內及石英加熱管表面上，這時需要進行清洗，清洗的次數主要視自來水的硬度和使用時間而定，入儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的要損壞加熱管，并且清洗時間也要延長。