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純化色譜系統在制備純化工藝中，想要準確、合理的確定流動相的流速范圍，需要結合一定的理論基礎和實際的純化經驗。色譜中的流速通常有兩種表述方式，一種是體積流速，即單位時間內流過某截面的流體的體積，單位mL／min，實際的分離過程中多用此來表示流體的速度。
另一種就是線流速，即流體中任一質點在單位時間內沿管路方向所通過的距離，單位cm／min，該表示方式多用于理論分析。
使用純化色譜系統的目的是定量或者定性測定混合物中各組分的性質和含量。定性的分析性色譜有薄層色譜、紙色譜等，定量的分析性色譜有氣相色譜、高效液相色譜等。色譜法應用于分析領域使得分離和測定的過程合二為一，降低了混合物分析的難度縮短了分析的周期，是比較主流的分析方法。
制備性色譜的目的是分離混合物，獲得一定數量的純凈組分，這包括對有機合成產物的純化、天然產物的分離純化以及去離子水的制備等。相對于色譜法出現之前的純化分離技術如重結晶，色譜法能夠在一步操作之內完成對混合物的分離，但是色譜法分離純化的產量有限，只適合于實驗室應用。
TFA是反相色譜分離中常用的添加劑。可以用凍干的辦法去除，國外許多文獻是這樣報道的。還可以試試離子交換、凝膠層析、甚至透析和超濾，其中，離子交換層析效果比較好，還可以起到濃縮樣品的作用。
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