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微生物質(zhì)譜也就是飛行時間質(zhì)譜，它是質(zhì)譜分析的一種，質(zhì)譜分析是通過測量離子質(zhì)荷比（質(zhì)量－電荷比），從而確定其質(zhì)量的分析方法，通俗點講，質(zhì)譜就是一種類型的“秤”，只不過它稱量的是離子的質(zhì)量，在眾多的分析測試方法中被認為是一種同時具備高特異性和高靈敏度且得到了廣泛應(yīng)用的普適性方法。
用一定強度的激光照射樣品與基質(zhì)形成的共結(jié)晶薄膜，基質(zhì)從激光中吸收能量，與樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使得樣品分子電離。離子在高壓電場作用下加速進入飛行管中，小離子飛得快，先到達探測器，大離子飛得慢，后到達探測器，從而得出測定結(jié)果。
質(zhì)譜儀器一般由進樣系統(tǒng)、離子源、質(zhì)量分析器、檢測器、數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)等部分組成。由于進樣方式、離子源、質(zhì)量分析器等的不同，質(zhì)譜儀分為不同的種類，臨床上常見的有液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜、氣相色譜串聯(lián)質(zhì)譜、電感耦合等離子體質(zhì)譜、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜等等。
以細菌為例，細菌是原核生物的一類，是一類形狀細短，結(jié)構(gòu)簡單，多以二分裂方式進行繁殖的原核生物，是在自然界分布廣、個體數(shù)量很多的有機體，是大自然物質(zhì)循環(huán)的主要參與者。細菌主要由細胞膜、細胞質(zhì)、核質(zhì)體等部分構(gòu)成，有的細菌還有莢膜、鞭毛、菌毛等特殊結(jié)構(gòu)。
微生物質(zhì)譜之所以能夠?qū)毦M行鑒定，是因為細菌的核糖體蛋白具有保守性，一般不會隨生長條件的變化而變化，而不同細菌的核糖體蛋白指紋圖譜具有各異性，指紋圖譜中的某些峰具有屬、種，甚至亞種特異性。另外，同種細菌在同一培養(yǎng)條件下生長，所得到的質(zhì)譜結(jié)果具有可重復(fù)性，這使得鑒定細菌結(jié)果更加準(zhǔn)確。
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