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安捷倫色譜柱的使用者必須了解色譜柱固定相的表面特性以及分析物與固定相表面可能發生的相互作用。通常，樣品基質總是包含一些分析人員不感興趣的化合物，例如鹽、脂類、脂肪化合物、疏水蛋白和其他生物化合物。它們可以被檢測器觀察到，其中顯示了一些色譜峰、基線干擾，甚至一些倒峰。
這些物質可能比要分析的物質具有更強或更弱的保留，保留較弱的化合物（例如鹽）將在死體積中被洗脫。如果樣品基質成分在色譜柱中有很強的保留，而流動相成分本身不??足以將其洗脫下來，這些吸附或吸附的化合物會積累，通常在多次進樣后堵塞柱頭。當這些吸附樣品的組成達到相對較高的濃度時，它們就會作為新的固定相出現。分析物可以與這些雜質相互作用并顯示出新的分離機制。它可能會導致保留時間的變化和峰拖尾。如果色譜柱被嚴重污染，色譜柱的壓力將達到無法承受的高度，使泵在超壓下工作，導致柱頭在堵塞位置塌陷。在另一種情況下，需要注意污染物并非來自樣品或流動相，而可能來自儀器的密封圈碎屑。這些雜物會隨流動相進入色譜柱，造成色譜柱堵塞。
清洗被污染的安捷倫色譜柱的頻率取決于有多少未知物質注入色譜柱，因為反相色譜柱有時可以在分離度損失和外來物質洗脫之前耐受大量污染物。用戶經常等到觀察到一些異常現象后才清洗色譜柱。但污染物的長期積累會使色譜柱的清洗變得更加困難。因此，如果色譜柱很容易被臟樣品基質污染，建議定期清潔您的色譜柱。清洗次數越多，清洗條件越簡單。
防止污染物進入安捷倫色譜柱，可以考慮使用在線過濾器或更好的保護柱來保護分析柱。如果問題的根本原因是樣品本身，可以考慮對樣品進行過濾或使用固相萃取去除污染物。在線過濾器只能部分保護色譜柱，它們有助于從流動相中去除顆粒。顆粒來自您的樣品或HPLC儀器的部件。在線過濾器不能保護色譜柱免受小于過濾器的物質的污染，可能會吸附在填料表面。
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