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氣相色譜往往由于生產連續性的需要，通常都是24h運行，很難有機會對儀器進行系統清洗、維護。一旦有合適的機會，就有必要根據儀器運行的實際情況，盡可能的對儀器的重點部件進行的清洗和維護。
熱裂解氣相色譜儀經常用于有機物的定量分析，儀器在運行一段時間后，由于靜電原因，儀器內部容易吸附較多的灰塵；電路板及電路板插口除吸附有積塵外，還經常和某些有機蒸氣吸附在一起；因為部分有機物的凝固點較低，在進樣口位置經常發現凝固的有機物，分流管線在使用一段時間后，內徑變細，甚至被有機物堵塞；在使用過程中，TCD檢測器很有可能被有機物污染；FID檢測器長時間用于有機物分析，有機物在噴嘴或收集極位置沉積或噴嘴、收集極部分積炭經常發生。
（1）嚴格說明書要求，進行規范操作，這是正確使用和科學保養儀器的前提。
（2）儀器應該有良好的接地，使用穩壓電源，避免外部電器的干擾。
（3）使用高純載氣，純凈的氫氣和壓縮空氣，盡量不用氧氣代替空氣。
（4）確保載氣、氫氣、空氣的流量和比例適當、匹配，一般指導流速以次為載氣30mL/min，氫氣30mL/min，空氣300mL/min，針對不同的儀器特點，可在此基礎上，上下做適當調整。
（5）經常進行試漏檢查（包括進樣墊），確保整個流路系統不漏氣。
（6）氣源壓力過低（如不足10~15個大氣壓），氣體流量不穩，應及時更換新鋼瓶，保持氣源壓力充足、穩定。
（7）對新填充的色譜柱，一定要老化充分，避免固定液流失，產生噪音。以OV－101、OV－17、OV－225等試劑級固定液，老化時間不應該少于24小時，對SE－30，QF－1工業級的固定液因純度低，老化不應該少于48小時。
（8）熱裂解氣相色譜儀注射器要經常用溶劑（如，丙酮）清洗。試驗結束后，立即清洗干凈，以免被樣品中的高沸點物質污染。
（9）要盡量用磨口玻璃瓶作試劑容器。避免使用橡皮塞，因其可能造成樣品污染。如果使用橡皮塞，要包一層聚乙烯膜，以保護橡皮塞不被溶劑溶解。
（10）避免超負荷進樣（否則會造成多方面的不良后果）。對不經稀釋直接進樣的液態樣品進樣體積可先試0. 1μl（約100μg），然后再做適當調整。
（11）對于欠穩定的農藥、中間體，用溶劑稀釋后再進行分析，這樣可以減少樣品的分解。
（12）盡量采用惰性好的玻璃柱（如，硼硅玻璃、熔融石英玻璃柱），以減少或避免金屬催化分解和吸附現象。
（13）保持檢測器的清潔、暢通。為此，檢測器溫度可設得高一些，并用乙醇、丙酮和金屬絲經常清洗和疏通。
（14）保持氣化室的惰性和清潔，防止樣品的吸附，分解。每周應檢查一次玻璃襯管，如污染，清洗烘干后再使用。
（15）定期檢查柱頭和填塞的玻璃棉是否污染。至少應每月拆下柱子檢查一次。如污染應擦凈柱內壁，更換1~2cm填料，塞上新的經硅烷化處理的玻璃棉，老化2小時，再投入使用。
（16）熱裂解氣相色譜儀做完試驗，用適量的溶劑（如，丙酮）等沖一下柱子和檢測器。
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