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濾色系統是熒光顯微鏡的重要部位，由激發濾板和壓制濾板組成。濾板型號，各廠家名稱常不統一。濾板一般都以基本色調命名，前面字母代表色調，后面字母代表玻璃，數字代表型號特點。
如德國產品(Schott)BG12，就是種藍色玻璃，B是藍色的第一個字母，G是玻璃的第一個字母;我國產品的名稱已統一用拼音字母表示，如相當于BG12的藍色濾板名為QB24，Q是青色(藍色)拼音的第一個字母，B是玻璃拼音的第一個字母。
不過有的濾板也可以透光分界濾長命名，如K530，就是表示壓制濾長530nm以下的光而透過530nm以上的光。還有的廠家的濾板*以數字命名，如美國Corning廠的NO:5-58，即相當于BG12。
1.激發濾板
根據光源和熒光色素的特點，可選用以下三類激發濾板，提供一定波長范圍的激發光。
紫外光激發濾板:此濾板可使400nm以下的紫外光透過，阻擋400nm以上的可見光通過。常用型號為UG-1或UG-5，外加一塊BG-38，以除去紅色尾波。
紫外藍光激發濾板:此濾板可使300~450nm范圍內的光通過。常用型號為ZB-2或ZB-3，外加BG-38。
紫藍光激發濾板:它可使350~490nm的光通過。常用型號為QB24(BG12)。
最大吸收峰在500nm以上者的熒光素(如羅達明色素)可用藍綠濾板(如B-7)激發。
開始采用金屬膜干涉濾板，由于針對性強，波長適當，因而激發效果比較玻璃濾更好。如西德Leitz廠的FITC專用KP490濾板和羅達明的S546綠色濾板，均遠比玻璃濾板效果好。
激發濾板分薄厚兩種，一般暗視野選用薄濾板，亮視野熒光顯微鏡可選用厚一些。基本要求是以獲得最明亮的熒光和好的背景為準。
2.壓制濾板
壓制濾板的作用是*阻擋激發光通過，提供相應波長范圍的熒光。與激發濾板相對應，常用以下3種壓制濾板:
紫外光壓制濾板:可通過可見光、阻擋紫外光通過。能與UG-1或UG-5組合。常用GG-3K430或GG-6K460。
紫藍光壓制濾板:能通過510nm以上波長的光(綠到紅)，能與BG-12組合。通常用OG-4K510或OG-1K530。
紫外紫光壓制濾板:能通過460nm以上波長的光(藍到紅)，可與BG-3組合，常用OG-11K470AK 490，K510。
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