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臺式電子顯微鏡普及以來，人們一直渴望實現自動化。研究人員通過在微觀層面研究樣品需要人工重復的步驟，可以尋找替代方案來努力提高這些過程的效率。隨著技術的不斷成熟，人們對其要求也越來越復雜，比如增加更復雜的圖像處理算法，提高分析大量數據的能力等。經過調查發現，人們對于自動化的期待主要有3個：消除人為誤差，節省時間和成本，在海量數據中快速找到目標。
臺式電子顯微鏡采用二次電子和背散射電子兩種探測器。同時配備4個可選光闌（30、50、100、200um），通過改變電子束大小可提供高分辨率圖像。除能檢測二次電子圖像以外，還能檢測背散射電子、透射電子、特征x射線、陰極發光等信號圖像。其成像原理與二次電子像相同，在進行觀察前，要對樣品作相應的處理。
它與電視一樣是由控制電子束偏轉的電子系統來完成的，只是在結構和部件上稍有差異而已，在電子掃描中，把電子束從左到右方向的掃描運動叫做行掃描或稱作水平掃描，把電子束從上到下方向的掃描運動叫做幀掃描或稱作垂直掃描，兩者的掃描速度*不同，行掃描的速度比幀掃描的速度快，對于1000條線的掃描圖象來說，速度比為1000。
臺式電子顯微鏡是掃描電鏡能譜行業的一個里程碑，亮度10倍于鎢燈絲的燈絲，不僅成為分辨率高的儀器，同時也使X射線能譜儀提供更加準確、快速的元素分析。
其背散射圖像從視覺上用不同的灰度呈現不同的元素，進一步利用X射線探測器，就能輕松確認不同灰度區域元素的名稱和含量，提供5-95號元素的點掃描，線掃描和面掃描三種分析模式。用戶通過一個界面就可以操控兩項功能，圖形化的設計，使操作變得的簡單，點擊感興趣的區域，在數秒內既可以得到微觀形貌信息，同時得到該區域的表面元素分布信息。
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