選擇測序方法的標準選擇測序方法的標準很多，取決于研究人員及其項目的性質。正在研究的生物學問題是關鍵。Pacific Biosciences 副總裁 Jonas Korlach 說：“研究的背景決定了使用哪種類型的測序，因為不同的測序方法具有不同的特征來推動選擇。”

常見的標準包括測序時間、通量、成本和準確度——所有這些往往會相互影響。“準確性、成本和數據吞吐量之間的動態一直是測序技術選擇的驅動因素，在不犧牲準確度的情況下，成本和通量的提高推動了 DNA 測序對廣泛的應用。”

測序成本主要包括購買儀器費用、試劑耗材費用、樣本數量、計劃外包測序及測序前的準備步驟。還有另一個值得考慮的因素是要測序的目標的大小，這會也影響測序時間和成本。

測序過程中產生的讀取長度也可能會影響決策，因為其中一些些應用需要較長的讀取長度。比如：NGS 產生MIN讀長（約 50-500 bp），其次是 Sanger 測序（約 500-1000 bp），然后是長讀長測序（約 5-30 kb）。

桑格測序

Sanger 測序是一項久經考驗的技術，對于少量樣本來說簡單快速，能夠解析單個堿基對。它在摻入放射性標記的核苷酸類似物后通過鏈終止起作用。然后通過瓊脂糖凝膠電泳分離得到的 基因片段以進行鑒定。Sanger 方法對包含重復和二級結構的復雜 DNA 區域很有幫助，并且通常被用作驗證 NGS 檢測到的遺傳變異的正交方法。

但是，與 NGS 相比，Sanger 測序的通量較低，因此可能不適合大型項目。Sanger 測序可以對較小的 DNA 區域、一小組基因以及通常少于 1000 個樣本進行高準確的測序。

事實上，對于較小范圍的項目，使用 Sanger 基因 測序方法進行靶向或聚焦測序的項目時間、成本和復雜性要低得多，通常使用的是細管電泳法，即：在毛細管電泳儀器上的毛細管內使用 Sanger 測序化學，有助于查明基因片段中的單個堿基。

測序

測序目標的會嚴重影響到測序方法的選擇。Sanger 測序適合少量基因或短基因組片段。NGS 測序發則適合用于 大面積的基因組或全基因組測序。 與使用 Sanger 測序相比，NGS 測序法具有高通量的特點可以使大型項目快速、容易、低成本地進行完成測序。所以NGS 是全基因組測序、全外顯子組測序、分析大型基因組、檢測稀有變異以及發現和診斷的較為理想的選擇。然而，對于靶向測序，NGS 可能比 Sanger 貴。同時，NGS 所使用的 NGS 測序儀，儀器成本較高，而且NGS 工作流程比 Sanger 測序更復雜，

長讀長測序

   在長讀長測序中，基因片段在穿過納米孔時單測序（Oxford Nanopore Technologies），或者在單個小孔中復制。較長的重疊序列使組裝更容易，就像用更少的大塊拼圖拼圖，而不是 NGS 中更多的小塊。其他優點包括消除了擴增偏差，并且可以更容易地檢測到大插入/缺失、重復區域等特征。長讀長測序的錯誤率可能高于 NGS，但持續的技術改進正在縮小準確度的差距。