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重組蛋白真核表達包括酵母表達系統、桿狀病毒-昆蟲細胞表達系統、腺病毒表達系統等。一般能正確折疊，含有各種修飾。但價格高，周期長。基因表達是指細胞把儲存在DNA序列中遺傳信息經過轉錄和翻譯，最終轉變成具有生物活性的蛋白質分子。
重組蛋白的應用用于結構研究時，重組蛋白的表達要求正確的蛋白質折疊、形成正確的二硫鍵、均一的重組產物。每種表達系統的蛋白質折疊和二硫鍵形成的內在能力。不均一性的潛在來源包括鱗酸化、甲硫氣酸氣膚酶對起始甲硫氨酸的低效切割以及糖基化。不幸的是, 不均一的磷酸化常見于重組蛋白激酶的表達,并且每一種表達宿主都有類似報道。在這種情況下, 可以通過磷酸酶處理去除重組蛋白上的磷酸基團以獲得均一性。當重組蛋白在胞內表達時，可能會出現 N 端甲硫氨酸的不均一性。原核生物和真核生物都含有甲硫氨酸氨肽酶，甲硫氨酸的切割效率受起始甲硫氨酸相鄰的氨基酸的影響。
重組蛋白真核表達與表達該蛋白質的基因序列有直接關系，基因序列以及相應的mRNA序列對蛋白質表達有決定性影響。基因序列設計和優化可顯著提高蛋白質表達量，甚至讓不可溶表達的蛋白質實現可溶表達。 表達蛋白的生物體也稱為宿主細胞。通常用來表達蛋白的宿主細胞包括細菌、酵母、昆蟲、植物、動物細胞和無細胞表達體系等。由于各種生物的特性不同，適合表達蛋白的種類各不相同，同一種蛋白在不同宿主中的表達效率也存在很大差別。 在各種表達系統中，普遍的是大腸桿菌表達系統，也是目前掌握尤為成熟的表達系統，大腸桿菌表達系統以其細胞繁殖快速產量高、誘導表達相對簡便等優點成為生產重組蛋白的常用的系統。
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